N Barré

M Garrido

L Riera

K Lombardini

V Mauclert

F Lepareur

| Octobre

L E Floc'h

Frédéric Andrieu

Cbn Med

Doriane Blottière

Ifremer Valérie Dérolez

Brian Four

Dominique Munaron

Salines De

Villeneuve -R Paradis

*) : Méthode d'évaluation à l'échelle du site Natura 2000 Annexe façade méditerranéenne CLASSEUR TECHNIQUE

État de conservation des "Lagunes côtières" d'intérêt communautaire (UE 1150*). Méthode d' évaluation à l' échelle du site -Guide d'application (Version 2). Rapport UMS PatriNat -Muséum national d'Histoire naturelle, Pôle-relais lagunes méditerranéennes, 81p. Ce classeur a été réalisé dans le cadre du Life 016 IPE FR001 Marha coordonné par l'OFB avec 13 autres partenaires. www.life-marha.fr Ce document ne reflète que l'opinion des auteurs, la Commission européenne n'est pas responsable de toute utilisation qui pourrait être faite des informations qu'il contient. Ce classeur technique a été réalisé dans le cadre du Life Marha (Marine Habitats) avec l' expertise de l'UMS PatriNat, sous la coordination rédactionnelle des 3 structures porteuses du Pôle-relais lagunes méditerranéennes : la Tour du Valat, le Conservatoire d' espaces naturels d'Occitanie et l'Office de l'Environnement de la Corse. Les fiches techniques ayant été enrichies de propos d' experts thématiques et parfois rédigées avec leur concours, nous les remercions pour leurs contributions scientifique et technique (par ordre alphabétique) :

Rapportage DCE (Directive Cadre sur l'Eau) et lien avec la DHFF (Directive Habitat Faune Flore).

Une obligation de rapportage au niveau européen est imposée par la directive cadre sur l' eau (DCE) à tous les États membres, au regard de l'objectif fixé de rétablir -ou de maintenir lorsque c'est déjà le cas -le bon état des milieux aquatiques. Ils doivent justifier les adaptations prévues et les résultats atteints. Les informations relatives au bassin sont transmises au ministère chargé de l' écologie et du développement durable. La DCE définit le "bon état" d'une masse d' eau de transition lorsque l' état écologique et l' état chimique de celle-ci sont "bons" à minima. Le "bon état" écologique des masses d' eau de transition qualifié dans le cadre de la DCE est nécessaire mais non suffisant pour que l'habitat de cette même masse d'eau soit qualifié d'un état de conservation de niveau favorable par la DHFF, d'autres indicateurs entrant en jeu dans le rapportage de l'évaluation de l'état de conservation. De plus, les informations recueillies par le suivi régulier des indicateurs de la DCE sont utiles à la surveillance de l' état de conservation des habitats aquatiques et humides, notamment en ce qui concerne les paramètres "structures et fonctions".

L'utilisation des résultats des indicateurs suivis dans le cadre de la DCE pour les lagunes permanentes "masses d' eaux de transition" est nécessaire :

• pour les lagunes suivies par la DCE, ces données peuvent être obtenues sur le site de Quadrige ou en contactant l'Ifremer ;

• et pour les lagunes non suivies par la DCE, les données doivent être produites selon les protocoles et les calculs de la DCE.

En revanche les lagunes temporaires ne sont pas prises en compte par la DCE, alors que la DHFF considère l'habitat "lagunes côtières" sur l'ensemble des pièces d' eau (PE) d'un site Natura 2000. Des données existent partiellement sur le fonctionnement hydromorphologique de ces lagunes et leur biologie, ce qui implique de les produire suivant les protocoles définis dans la méthode de l' évaluation de l' état de conservation des "lagunes côtières".

PARTIE 2 -Préparer son évaluation de l'habitat lagunes méditerranéennes 1150-2.

Éléments de mise en oeuvre par indicateurs, chronologie et coût de mise en oeuvre.

La préparation de l'évaluation sur un site nécessite de prendre du temps pour la planification des tâches et prévoir en conséquence le temps de mise en oeuvre et son financement. Pour ce préalable, un tableau rassemblant les indicateurs de la méthode est intégré au classeur, et précise le type de lagune concerné par indicateur et des fourchettes estimatives de temps et de coûts dédiés pour leur évaluation. Ce tableau est, entre autres, accompagné d'une frise chronologique pour repérer les périodes d'application des indicateurs (cf. document A3 en partie 2). Les mêmes éléments pratiques c' est-à-dire (i) le type de lagune concernée, (ii) le coût et (iii) le temps sont également intégrés dans chacune des fiches techniques sous forme de pictogrammes. (1 er campagne)

(2 e campagne) (préparation cartographique)

(3 e campagne)

(1 er passage)

(2 e passage) (3 e passage) Fonctionnement général, stabilité des conditions de maintien de l'habitat Fonctionnement général, stabilité des conditions de maintien de l'habitat Fonctionnement général, stabilité des conditions de maintien de l'habitat Fonctionnement général, stabilité des conditions de maintien de l' écosystème Fonctionnement général, capacité de résilience de l'habitat, conservation de l'habitat Fonctionnement général, connectivité, productivité Fonctionnement général, conservation de l'habitat Fonctionnement général, maintien de la structure Fonctionnement (rôle alimentaire, support, biodiversité, échanges) Fonctionnement général Fonctionnement, risques d'atteintes sur les organismes Risques éco-toxicologiques Fonctionnement, risques d'atteintes sur les organismes Chaque fiche présente :

(terrain) > 18 ppt X X X X X X X X X X X X < 18 ppt X X X X X X X X X X X > 18 ppt X X X X X X X < 18 ppt X X X X X
• l'objectif de l'indicateur, un rappel des critères d'évaluation, ainsi que des indications pratiques pour sa mise en oeuvre. Ces précisions sont données en haut de la fiche (caractère prioritaire de l'indicateur, périodicité de l' évaluation, indicateurs liés applicables sur le terrain au même moment de l'année) et avec des pictogrammes signalant le type de lagune concerné, le coût et le temps dédié à cette application ; • le protocole de mesure de l'indicateur, avec ses précisions sur l' échantillonnage et le matériel nécessaire. Pour l' évaluation des indicateurs faune ou flore, les listes d' espèces auxquelles se référer sont également données ; • la notation de l'indicateur avec ses modalités ;

• et des fiches d'évaluation "terrain" sont insérées en annexes de certaines fiches (Indicateurs macrophytes I02a, I02b et I02c). Ces documents sont également disponibles au format numérique transmis avec ce classeur.

Les informations descriptives de chaque fiche sont présentées de manière synthétique. Selon les besoins de l' opérateur de l' évaluation, des références bibliographiques sont précisées dans chaque fiche et renvoyées à la dernière partie du classeur pour obtenir plus de détails. Nées de phénomènes géologiques variés à l'interface terre-mer, les lagunes offrent une grande diversité de milieux et un fort contraste paysager. Définir ou catégoriser les lagunes selon leurs caractéristiques physico-chimiques, biologiques et leur fonctionnement hydromorphologique n' est pas chose aisée tant la diversité est grande. D'autre part, il existe plusieurs classifications de ces zones humides et typologies de leurs habitats associés, pouvant être de portées nationales, européennes ou internationales. L'utilisation de chacune de ces typologies et classifications est motivée par les objectifs suivis et en particulier selon l' échelle de travail définie.

Sommaire

Définition officielle d'une "lagune côtière" issue du manuel d'interprétation des habitats de l'Union Européenne (Commission Européenne, 2013) « Les lagunes sont des étendues d'eau salée côtières peu profondes, de salinité et de volume d'eau variables, totalement ou partiellement séparées de la mer par des bancs de sable ou des galets, ou, moins fréquemment, par des rochers. La salinité peut varier de l'eau saumâtre à l'hypersalinité en fonction des précipitations, de l'évaporation et par l'ajout d'eau de mer provenant des tempêtes, de l'inondation temporaire de la mer en hiver ou de l'échange des marées. Avec ou sans végétation de Ruppietea maritimae, Potametea, Zosteretea ou Charetea (CORINE 91 : 23.21 ou 23.22).

Les bassins salés et les étangs salés peuvent également être considérés comme des lagunes, à condition qu'ils aient leur origine dans une ancienne lagune naturelle transformée ou dans un marais salé, et qu'ils soient caractérisés par un impact mineur de l'exploitation ».

Les "lagunes côtières" (Code UE : 1150*) sont désignées comme d'intérêt communautaire prioritaire par la Directive 92/43/CEE dite "Directive Habitats Faune Flore" (DHFF). Celle-ci liste les habitats d'intérêt communautaire à l'annexe I et leur description est présentée dans le manuel d'interprétation des habitats de l'Union Européenne dont plusieurs versions ont été éditées, la plus récente étant EUR 28 (Communauté Européenne, 2013). La France a précisé la description des habitats du manuel européen par la rédaction des Cahiers d'habitats dont le tome 2 présente l'habitat 1150* "Lagunes côtières" [START_REF] Bensettiti | Cahiers d'habitats[END_REF]. Pour les lagunes côtières, deux sous-types de l'habitat 1150* y sont distingués :

• les lagunes en mer à marées (façade atlantique ; code 1150*-1),

• et les lagunes méditerranéennes (code 1150*-2).

Cependant, c' est actuellement le référentiel national des habitats marins benthiques et sa correspondance avec le manuel d'interprétation des habitats qui permettent de mieux définir et décrire les habitats élémentaires (https://inpn.mnhn.fr/programme/referentiel-habitats/referentiels-habitats-ou-vegetations Ainsi pour la méthode d' évaluation de l' état de conservation à l' échelle du site Natura 2000 (Lepareur et al., 2019), nous avons donc retenu pour les "lagunes méditerranéennes" une typologie opérationnelle scindant cet habitat sur les bases : (i) de son fonctionnement hydrologique (caractère permanent ou temporaire) et (ii) de son niveau de salinité (supérieure ou inférieure à 18 ppt). En effet, pour la façade méditerranéenne, différents auteurs [START_REF] Barnes R | Coastal lagoons (Cambridge Studies in Modern Biology 1)[END_REF][START_REF] Guelorget | Le domaine paralique : Expressions géologiques, biologiques et économiques du confinement[END_REF][START_REF] Kjerfve | Coastal Lagoon Processes[END_REF]McLusky & Elliott, 2007 ;[START_REF] Tagliapietra | A review of terms and definitions to categorise estuaries, lagoons and associated environments[END_REF][START_REF] Icely | An overview of ecological status, vulnerability and future perspectives of European large shallow, semi-enclosed coastal systems, lagoons and transitional waters[END_REF] • les habitats de la série 1160-3, notamment les sables vaseux de mode calme, à salinité égale (ou très proche) à celle de la mer et situés dans des criques plus ouvertes, • les sables vaseux et vases lagunaires et estuariennes 1130-2, présentant une salinité stratifiée (faible en surface, forte en profondeur), caractérisé par la coexistence de deux masses d' eau constamment renouvelées, • et les lagunes à activité salicole dont l'impact est caractérisé comme "non mineur", c'est-à-dire les tables salantes en activité.

II. CARACTÉRISTIQUES ABIOTIQUES ET BIOTIQUES DÉFINISSANT L'HABITAT

Dans cette partie, nous nous attacherons à détailler l'habitat "Lagunes côtières" (1150*) pour la façade méditerranéenne ainsi que ses limites afin de proposer une description regroupant, au mieux, les caractéristiques lagunaires suivant strictement le canevas européen.

Géomorphologie

Depuis 1845 (de Beaumont, 1845), de nombreuses hypothèses ont été avancées sur la genèse des lagunes. [START_REF] Schwartz | The Multiple Causality of Barrier Islands[END_REF] distingue : les lagunes de submersion, les lagunes d' origine sédimentaire et les lagunes tectoniques. Les lagunes de submersion sont rares. Leurs cordons littoraux sont souvent rocheux et non érodés par la transgression marine. Des travaux plus récents ont permis de préciser le contexte géologique des lagunes [START_REF] Nichols | Sedimentary processes in coastal lagoons[END_REF][START_REF] Guelorget | Le domaine paralique : Expressions géologiques, biologiques et économiques du confinement[END_REF][START_REF] Bird | Physical setting and geomorphology of coastal lagoons[END_REF][START_REF] Kjerfve | Coastal Lagoon Processes[END_REF]. Deux types de lagunes s' opposent :

• les lagunes dynamiques, édifiées le long des littoraux meubles appelées : lagune sédimentaire ou lagune "sensu stricto" [START_REF] Guelorget | Le domaine paralique : Expressions géologiques, biologiques et économiques du confinement[END_REF]) ; • et les lagunes inscrites dans un substrat dur appelées : lagune tectonique ou "Bahira" [START_REF] Guelorget | Le domaine paralique : Expressions géologiques, biologiques et économiques du confinement[END_REF].

Au niveau de la façade méditerranéenne française, la plupart des lagunes ont une origine sédimentaire et se sont formées durant la transgression marine Holocène. Elles sont généralement de faible profondeur (excédant rarement 2 m) et le lido est formé d'alluvions (sable marin ; e.g. Biguglia, étangs palavasiens, étang de La Palme). Certaines lagunes ont une origine tectonique (e.g. Urbinu, Thau, Bages-Sigean). L' effondrement des terrains côtiers envahis par la mer lors de la transgression marine a permis la formation de ces lagunes dont la profondeur est généralement plus importante (jusqu'à ± 10 m).

Les connaissances liées à la formation géologique des lagunes côtières et à leur fonctionnement permettent de préciser cette typologie basée sur des critères non biologiques. [START_REF] Nichols | Sedimentary processes in coastal lagoons[END_REF] ont proposé une classification fonctionnelle des lagunes sédimentaires relative à la connectivité à la mer ou à leur degré de confinement : les lagunes ouvertes, semi-fermées et fermées. [START_REF] Barnes R | Coastal lagoons (Cambridge Studies in Modern Biology 1)[END_REF], [START_REF] Nichols | Sedimentary processes in coastal lagoons[END_REF], Kjerfve (1989) décrivent également les lagunes de type estuarien (e.g. Balistra, Sperone). L' opposition du lido aux petits fleuves côtiers dont le débit est peu important, notamment à l' étiage, a permis la formation d' étangs étroits et encaissés. Les environnements deltaïques sont également des milieux propices à la formation de lagunes dites deltaïques (e.g. Delta de l'Osu, Delta Camarguais). L'apport important d'alluvions dans les golfes peu profonds a permis l'installation de petits étangs aux embouchures des fleuves. Parmi ces lagunes deltaïques, les plus littorales sont protégées par des flèches littorales dont les formes assez labiles et fragiles [START_REF] Mcbride R | Morphodynamics of Barrier Systems : A Synthesis[END_REF].

Caractéristiques physico-chimiques

L' eau est présente dans ces zones humides littorales de manière permanente ou temporaire. Les lagunes d' origine sédimentaire se chargent en sel par le biais de leur communication avec la mer (grau ou passe), par infiltration d' eau marine à travers le lido [START_REF] Tamborski | Temporal variability of lagoon-sea water exchange and seawater circulation through a Mediterranean barrier beach[END_REF] et/ou par évaporation. Les phénomènes de dessalure sont dus généralement aux apports dulçaquicoles du bassin versant et/ou de la nappe phréatique. Ces phénomènes de dessalure sont d'autant plus importants lorsque le ratio surface bassin versant/surface lagune est grand, lorsque les bassins versants sont montagneux (en particulier pour la Corse) et que les épisodes pluvieux sont intenses. Un facteur important de l'hydrologie des lagunes réside dans leur communication avec la mer. En Corse, la plupart des lagunes côtières possèdent une communication naturelle qui peut être permanente ou temporaire (comblé par l'accumulation naturelle de sédiments sableux), à l'inverse de la façade continentale française où quelques lagunes seulement ont gardé un grau naturel (étang de La Palme, étang de l'Ayrolle, étang de Pissevaches, étangs de la Grande Maïre et de la Riviérette, étangs de Villepey). Ces communications naturelles font parfois l' objet d'un entretien par les exploitants ou gestionnaires du site concerné. Ce phénomène intermittent induit un fonctionnement écologique saisonnier marqué.

Le paramètre essentiel pour la description de ces eaux est la salinité. Les apports en eau douce et le caractère temporaire ou permanent des échanges avec le milieu marin, confèrent aux eaux lagunaires une salinité variable allant de 0 à plus de 38 ppt 1 [START_REF] Tournoud | Guide méthodologique de gestion des lagunes méditerranéennes. 1 : Les eaux. Région Languedoc Roussillon Montpellier[END_REF].

Classification des lagunes en fonction de la salinité.

Cependant, l' évaporation peut provoquer sur des lagunes confinées et très peu profondes une augmentation de la salinité jusqu'à des valeurs bien supérieures à celles du milieu marin (> à 80 ppt). De plus, contrairement à la mer qui présente une certaine stabilité chimique, les étangs alimentés par les eaux du bassin versant en période hivernale et automnale et qui sont soumis aux sécheresses estivales, présentent des variations saisonnières importantes de nutriments, de salinité, de température et également un fonctionnement écologique marqué (e.g. structure et fonctionnement des communautés biologiques). Ces variations sont moins importantes dans les étangs profonds (e.g. Diana, Leucate, Urbino, Thau).

Compartiment biotique

La végétation des lagunes est étroitement dépendante des caractéristiques hydrologiques (e.g. milieu saumâtre ou dulçaquicole) et pédologiques (e.g. sable, limon) qui résultent de l'affrontement des deux influences antagonistes de la mer et du bassin versant, mais également de la pénétration de la lumière (du fait de la turbidité et de la bathymétrie du plan d' eau). La combinaison de ces facteurs conditionne la répartition spatiale et temporelle des groupements végétaux entre eux, le plus souvent en jouant un rôle de facteur limitant. 2002). Lorsque l'influence des eaux saumâtres se fait sentir une dominance de Stuckenia pectinata est observée. Les phanérogames dominantes dans les lagunes de grandes surfaces et lorsque la salinité est proche du milieu marin, sont Ruppia cirrhosa et Zostera noltei [START_REF] Verhoeven | The ecology of Ruppia-dominated communities in Western Europe: I. Distribution of Ruppia representatives in relation to their autecology[END_REF]Menéndez, 2002 ;[START_REF] Pasqualini | Spatiotemporal dynamic of submerged macrophyte status and watershed exploitation in a Mediterranean coastal lagoon: Understanding critical factors in ecosystem degradation and restoration[END_REF]. Si les surfaces en eau sont relativement faibles et les écarts des conditions de milieu plus accentués le faciès à Ruppia maritima est souvent décrit [START_REF] Bensettiti | Cahiers d'habitats[END_REF] 2005). Ils sont effectués à différentes échelles [START_REF] Bensettiti | Cahiers d'habitats[END_REF][START_REF] Bensettiti | Evaluation de l' état de conservation des habitats et espèces d'intérêt communautaire (DHFF article 17)[END_REF][START_REF] Klesczewski | Évaluer l' état de conservation des habitats naturels à l' échelle du terrain : approches dans le Languedoc-Roussillon[END_REF]. L'évaluation de l'état de conservation (EC) se fait à deux échelles : l'échelle biogéographique et à l'échelle du site Natura 2000.

L' évaluation de l'EC à l' échelle biogéographique d'une espèce ou d'un habitat (cf. Figure ci-dessous) inclut des éléments de diagnostic basés sur l'état présent (3 paramètres) et elle considère également les perspectives et évolutions futures de cet état, basées sur des menaces prévisibles et évaluables (1 paramètre). Ces 4 paramètres sont évalués indépendamment puis permettent de conclure sur l' évaluation globale de l'habitat selon un principe de précaution. 4 catégories de résultats sont définies pour l' évaluation de ces paramètres ainsi que pour l' évaluation globale : favorable (FV), défavorable inadéquat (U1), défavorable mauvais (U2) ou inconnu (XX).

Présentation schématique de la méthode d'évaluation de l'état de conservation des espèces et des habitats.

La méthode d' évaluation de l'EC (Fig. 1) à l' échelle du site est un outil d'aide à la gestion. En effet, elle permet d' évaluer plus finement les composantes de l'habitat et ainsi permettre de fixer des objectifs de conservation dans le site. La perspective de lier l'état de conservation avec les mesures de gestions effectives sur le terrain mène également à une approche d'évaluation plus fine encore [START_REF] Klesczewski | Elaboration de critères d' évaluation de l' état de conservation du Parc National des Cévennes[END_REF]. Cette démarche permet notamment de relever les facteurs dégradant de manière précise. À ce titre l' évaluation fait partie du document d' objectifs du site (DOCOB) et contribue aux évaluations périodiques au niveau biogéographique.

Le rapportage, c' est-à-dire la communication des résultats de l'évaluation de l' état de conservation se fait également à deux échelles :

• à l' échelle biogéographique à travers l'article 17 de la DHFF, tous les 6 ans. Les résultats transmis par les différents Etats membres vont permettre à la Commission européenne de disposer d' évaluations au niveau des régions biogéographiques. Cela constitue des macro-indicateurs à l' échelle européenne ; • et à l' échelle du site Natura 2000, à travers le Formulaire Standard de Données (FSD) de chaque site Natura 2000, tous les ans.

Menaces et pressions influençant l'état de conservation de l'habitat

Comme toutes les zones humides littorales, l'habitat lagunes méditerranéennes est menacé. Il est vulnérable face aux fortes pressions anthropiques (agricoles, touristiques, industrielles, urbaines) et au changement climatique. En raison de leur confinement et des apports du bassin versant, les lagunes méditerranéennes sont naturellement riches en éléments nutritifs. Sous l'action de l'homme, cette qualité intrinsèque est peu à peu devenue une faiblesse. En effet, l'augmentation des activités anthropiques sur les bassins versants a engendré une diversification des sources de pollution (urbaines, agricoles et industrielles) et plus généralement une augmentation des apports en nutriments et contaminants chimiques au sein des milieux côtiers [START_REF] Cloern | Our evolving conceptual model of the coastal eutrophication problem[END_REF]. L'eutrophisation des écosystèmes côtiers est un phénomène global, provoquant un déséquilibre du milieu et une dégradation de l' ensemble des services écosystémiques [START_REF] Cloern | Our evolving conceptual model of the coastal eutrophication problem[END_REF][START_REF] De | Cause, historical development, effects and future challenges of a common environmental problem : eutrophication[END_REF][START_REF] Rabalais | Global change and eutrophication of coastal waters[END_REF][START_REF] Kermagoret | How does eutrophication impact bundles of ecosystem services in multiple coastal habitats using state-and-transition models[END_REF] : avec des impacts biologiques et écologiques (e.g. qualité de l' eau, mortalité, destruction d'herbiers aquatiques, invasion biologique) mais aussi économiques (e.g. perte de production conchylicole) et touristiques (nuisances olfactives). L'eutrophisation est la cause majeure de dégradation des lagunes méditerranéennes. Cependant, nous pouvons constater à l' échelle des lagunes méditerranéennes françaises suivies, une tendance actuelle à la régression de l' eutrophisation, grâce à une meilleure épuration des effluents et une meilleure prise en compte de l'hydrologie (Dérolez et al., 2020 ;Leruste et al., in progress)

U1

Les principaux impacts attendus du changement climatique sur la surface, la structure et le fonctionnement de cet habitat sont liés à une augmentation de la température, du niveau général de la mer Méditerranée [START_REF] Gualdi | The CIRCE Simulations: Regional Climate Change Projections with Realistic Representation of the Mediterranean Sea[END_REF] et à un dérèglement du cycle hydrologique des lagunes avec une diminution importante des quantités annuelles des précipitations et une augmentation de la fréquence des événements extrêmes (e.g. sécheresse, inondation). Sous les effets du changement climatique, les eaux souterraines sont amenées à devenir une composante importante du maintien de la biodiversité des lagunes (e.g. risque d'intrusion saline dans les eaux souterraines proches du milieu côtier ; [START_REF] Datry | Responses of hyporheic invertebrate assemblages to large-scale variation in flow permanence and surface-subsurface exchange[END_REF]Datry et al., , 2012;;[START_REF] Erostate | Groundwater dependent ecosystems in coastal Mediterranean regions: Characterization, challenges and management for their protection[END_REF]. Ces principaux facteurs peuvent agir en synergie avec des pressions anthropiques présentes sur le bassin versant et peuvent menacer gravement l'habitat.

En quoi l'évaluation de l'état de conservation de l'habitat "lagunes méditerranéennes" permettra de limiter les impacts des pressions ?

Une prise de conscience grandissante de la nécessité de protéger ces milieux a été observée depuis plus de trente ans. C' est sans doute ce qui a permis de noter une "amélioration" de l' état de conservation des lagunes méditerranéennes à l' échelle biogéographique (cf. résultats DHFF pour 2019). L'atteinte des objectifs fixés par le texte de la DHFF est difficile et couronnée de progrès lents. En effet, il a été observé que la restauration des milieux lagunaires implique des processus différents et généralement plus longs que les mécanismes rapides de dégradation. Cette hystérésis s' explique en partie par le fait que face à des changements environnementaux graduels, les écosystèmes basculent vers des états stables alternatifs [START_REF] Scheffer | Shallow lake theory revisited: various alternative regimes driven by climate, nutrients, depth and lake size[END_REF][START_REF] Duarte | Paradigms in the recovery of estuarine and coastal ecosystems[END_REF].

Protéger les lagunes est primordial tant elles ont de rôles importants et essentiels pour l'avenir des zones littorales. À titre d' exemple, conserver cet habitat peut être une mesure d'adaptation au changement climatique puisque cela permet de réduire la vulnérabilité des populations littorales aux impacts de ces aléas. Ces milieux sont des remparts naturels pour lutter contre la submersion marine et continentale (crue).

L' état de conservation de cet habitat n' étant à ce jour pas ou très peu évalué à l' échelle du site, l' objectivité de l' évaluation à l' échelle biogéographique dépend des personnes référentes, de leur capacité à généraliser à l' ensemble des systèmes lagunaires des connaissances, pour ne pas dire "leur connaissance" de ces milieux (e.g. observation, projet de recherche propre, littérature). (3 e campagne)

(1 er passage)

(2 e passage) (3 e passage) Fonctionnement général, stabilité des conditions de maintien de l'habitat Fonctionnement général, stabilité des conditions de maintien de l'habitat Fonctionnement général, stabilité des conditions de maintien de l'habitat Fonctionnement général, stabilité des conditions de maintien de l' écosystème Fonctionnement général, capacité de résilience de l'habitat, conservation de l'habitat Fonctionnement général, connectivité, productivité Fonctionnement général, conservation de l'habitat Fonctionnement général, maintien de la structure Fonctionnement (rôle alimentaire, support, biodiversité, échanges) Fonctionnement général Fonctionnement, risques d'atteintes sur les organismes Risques éco-toxicologiques Fonctionnement, risques d'atteintes sur les organismes

(terrain) > 18 ppt X X X X X X X X X X X X < 18 ppt X X X X X X X X X X X > 18 ppt X X X X X X X < 18 ppt X X X X X X

Aide à la préparation de l'évaluation : campagne d'échantillonnage et intégration des données brutes

En retour du test de la méthode d'évaluation de l'état de conservation de l'habitat lagunes côtières (Barré N. et al., 2018), des conseils et des outils ont été rapportés à la faveur d'une optimisation du temps dédié à l'évaluation. Ci-après, en aide à la préparation de l'échantillonnage des pièces d'eau et à l'utilisation des données brutes, vous trouverez des informations relatives à ces outils pour certains indicateurs (liste non exhaustive car évolutive).

Retrouver tous les outils (tableaux Excel, fiches terrains pour les relevés, tutoriels) dans la boîte à outils EC lagunes. La boîte à outils contient : • un tutoriel en aide à la cartographie d'habitats naturels sous QGis utilisant Géoclassifier, • un tutoriel permettant de cartographier les pièces d' eau avec l'habitat 1150-2 et l' état des berges, • un tutoriel pour faciliter la création d'une cartographie des stations à échantillonner pour les macrophytes en lagunes temporaires [START_REF] Schoen | Évaluation de l' état de conservation des lagunes méditerranéennes à l' échelle du site Natura[END_REF],

• un tableau récapitulant l' ensemble des résultats bruts, • un tableau permettant d'automatiser le calcul de la note globale par pièce d' eau et sur l' ensemble du site, • un tableau prototypes de saisie des données macrophytes.

1/ CARTOGRAPHIE DE LA SURFACE DE L'HABITAT (I01)

• Appui à la cartographie des habitats naturels d'intérêt communautaire : un tutoriel a été réalisé par la Tour du Valat en 2020 pour exploiter une méthode dite de segmentation des habitats sous les logiciels QGis et Geoclassifier. L' objectif est d'aider à l' obtention d'une cartographie plus fine des habitats par une méthode mêlant segmentation semi-automatique des images, photo-interprétation et relevés phytosociologiques localisés. Il est important de bien connaître sur le terrain, les limites entre les zones de transition mixant plusieurs habitats et des zones où un habitat principal est identifié et classable selon les typologies existantes. Cette méthode permet d' optimiser le temps de travail dédié à cette cartographie en regard d'une précision des contours cartographiés plus importante que dans les méthodes entièrement manuelles. • Évolution des surfaces et intégrité des berges : un tutoriel de cartographie a été réalisé par le SIEL en 2015, pour définir les surfaces et l' état des berges des pièces d' eau (habitat "lagune côtière méditerranéenne" 1150-2) intégrées au DOCOB.

Conseils et préconisation concernant la présence d'îlots :

si 3 îlots sont présents sur la pièce d' eau (PE), le polygone ne doit pas les contenir. Lors de la cartographie de l'habitat, il est préférable d'intégrer la surface de l'habitat occupé par ces îlots, hauteur, submersibilité, nature du substrat, mobilité de la structure, permettant alors d' évaluer le risque de perte.

2/ CARTOGRAPHIE DES POINTS ALÉATOIRES D'ÉCHANTILLONNAGE DES MACROPHYTES EN LAGUNE TEMPORAIRE (I02c)

Suite à la cartographie des pièces d' eau de l'habitat 1150-2, il est conseillé d'utiliser un tutoriel réalisé par le SIEL (2015) permettant de définir les stations à échantillonner dans les pièces d' eau pour l'indicateur macrophytes.

Les classes de superficie sont basées sur celles donnant le nombre de placettes à effectuer (indiquées dans la fiche indicateur macrophytes en lagunes temporaires I02c). Il est nécessaire de prendre en compte l'accessibilité des sites dans l' évaluation du temps de mise en oeuvre. Le temps des relevés est extrêmement variable selon la présence ou non de macrophytes. Il est conseillé de préparer le tableau Excel lié à l' échantillonnage (cf. boîte à outils) pour faciliter la saisie de vos données à partir de vos fiches d' évaluation terrain.

3/ SURFACE D'HERBIER (I03)

La date d'acquisition des données sur le terrain peut influer sur l'interprétation des résultats, ce qui implique de convenir d'une date en suivant les conditions météorologiques des semaines précédentes. Il est intéressant de noter qu'après avoir effectué une cartographie initiale complète des pièces d' eau, les suivis annuels se font sur certaines des "zones à enjeux" identifiées, dans lesquelles des transects permanents sont installés afin de déterminer l'évolution des limites des herbiers en fonction de facteurs anthropiques ou naturels. La caractérisation des herbiers de Magnoliophytes marines peut participer à la surveillance globale de la qualité des eaux lagunaires, mise en oeuvre dans le cadre de la DCE. Maintenir cette surveillance en parallèle au suivi DCE, permettrait de déceler toute anomalie au sein de l'herbier et de mettre en place des mesures de gestion adéquates.

4/ ESPÈCES ANIMALES EXOTIQUES ENVAHISSANTES (I06)

Précision concernant le recouvrement du cascail : il est possible de faire un recensement des récifs formés par le cascail via analyse de photographies aériennes. Si cette technique est impossible à réaliser en raison d'une turbidité trop importante, il est possible de réaliser des transects rectilignes de 4m de large, chacun espacé de 100m environ en utilisant une embarcation légère et un GPS [START_REF] Annexe | Cartographie de la présence de Ficopomatus enigmaticus (Fauvel, 1923) sur la partie sud de la lagune de Canet -Saint-Nazaire et détermination de la faune associée[END_REF].

Tous les 6 ans Une marge de variation est intégrée à la méthode afin de prendre en compte ces changements naturels.

PRIORITAIRE

INDICATIONS PRATIQUES

• Pour les habitats en polygones isolés, l' évaluation de la surface couverte peut se faire via :

• l'utilisation d'un logiciel SIG (e.g. étude d' orthophotographies, de photos aériennes) pour les polygones dont le diamètre ou la longueur sont supérieurs à 30 m. Si le site contient plusieurs plans d' eau isolés, la surface de l'habitat correspondra à la somme des surfaces ; • et le passage de terrain au moment du pic de végétation (généralement à la fin du printemps) et mesure au triple décamètre des dimensions de l'habitat pour les polygones dont le diamètre ou la longueur sont inférieurs à 30 m ou si l'habitat n' est présent que de façon ponctuelle.

Lagunes temporaires à Carnon -H.Heurtefeux & D. Boulet (EID / SD34) Résultat de délimitation de l'habitat "lagune" -Tour du Valat

Toutes les lagunes

Pour les polygones connectés en réseau (nombreuses pièces d' eau proches), la surface évaluée sera la surface du polygone convexe à l' ensemble des polygones contenus dans le réseau [START_REF] Mistarz | État de conservation des habitats des eaux dormantes d'intérêt communautaire. Méthode d' évaluation à l' échelle des sites Natura 2000. Rapport préliminaire. Rapport SPN 2016-104[END_REF]. En plus des mesures de l' évolution de la surface, l'indicateur doit être contextualisé. Les causes de la régression sont donc à renseigner ; cette dernière peut être d' origine naturelle (évolution vers un autre habitat) ou être due à une destruction de l'habitat [START_REF] Viry | État de conservation des mares temporaires méditerranéennes (UE 3170*), habitat d'intérêt communautaire. Méthode d'évaluation à l'échelle du site. Rapport d'étude. Version 1. Rapport SPN 2015-56[END_REF].

À noter qu'une méthode semi-automatique de cartographie sollicitant des outils récents de la segmentation est présentée en tutoriel dans ce classeur (cf. partie analyse et valorisation des résultats). Ces techniques permettent d'atteindre des résultats de délimitation des habitats naturels plus fins, et permettent de suivre plus efficacement les secteurs à enjeux au fil du temps.

NOTE DE L'INDICATEUR

Pour cet indicateur, il n'y a pas de note numérique mais seulement une description de l' état de conservation par rapport aux pertes de surface observées : 2018). Il apparaît donc nécessaire d' évaluer ces éléments nutritifs pour déterminer l' état de conservation des lagunes, en regard d'autres facteurs pouvant affecter la présence des macrophytes, comme par exemple la turbidité de l' eau qui joue sur la pénétration de la lumière dans l' eau.

Modalité

L'objectif de cet indicateur est de caractériser les communautés macrophytiques des lagunes au travers :

• de l'analyse de la structure du peuplement végétal (abondance, composition et diversité floristique), qui renseigne sur le fonctionnement de la masse d'eau, • et de la persistance dans le temps des espèces caractéristiques de l'habitat. Sur le long terme la mesure de cet indicateur pourra permettre également d'avoir une vision sur la trajectoire écologique de la lagune [START_REF] Pasqualini | Spatiotemporal dynamic of submerged macrophyte status and watershed exploitation in a Mediterranean coastal lagoon: Understanding critical factors in ecosystem degradation and restoration[END_REF].

ATTENTION

L'hydrologie de l'année est importante à considérer avant la mise en place de cette évaluation. En effet, ce facteur peut considérablement impacter la présence/absence des macrophytes et constituer un biais non-négligeable pour l'interprétation des résultats. Pour cela, on pourra étudier les conditions climatiques de l'année en cours et les comparer aux moyennes afin d' établir s'il s'agit d'une année représentative des conditions hydrologiques "normales".

INDICATIONS PRATIQUES

• Coût et temps : les relevés de terrain peuvent être très chronophages.

La durée dépendra de la présence ou non de macrophytes, la surface à couvrir et la navigabilité Cet indicateur "macrophytes" est donné sous forme d'un EQRMAC (pour "Ecological quality ratio" ou ratio de qualité écologique, MAC pour macrophytes) 2 qui résulte de la combinaison de deux ratios, un d'abondance (EQRA) et l'autre de composition (EQRC).

SUR LE TERRAIN

L' observation des macrophytes est réalisée depuis la surface pour les zones peu profondes (à pied ou depuis un bateau) et grâce à une lunette de calfat ou si possible en plongée pour les zones les plus profondes. La trajectoire suit un cercle autour du bateau, déterminé par une corde de 10 m fixée au mouillage du bateau. Avec une visibilité d'un mètre de chaque côté du parcours, cela représente une surface observée d' environ 120 m² (Fig. 1). Il est souhaitable que cette étape soit réalisée par deux observateurs différents, afin de pouvoir comparer les résultats. Un exemple de fiche est fourni en annexe 1 afin de faciliter les prises de notes sur le terrain.

Les trois métriques relevées sont :

• la richesse spécifique (RS) qui représente le nombre d' espèces présentes,

• le pourcentage de recouvrement relatif par les espèces de référence (RR ; NB : cette métrique ne peut être utilisée que lorsque le taux de recouvrement total des végétaux de la station est supérieur à 5%), • le pourcentage de recouvrement végétal total (RT), qui renseigne sur l'abondance des macrophytes.

Les espèces de référence sont les macroalgues et les angiospermes présentes en conditions de référence et qui régressent avec l' eutrophisation. (Source : Réseau de Suivi Lagunaire, 2011).

Très bon Bon

Moyen Médiocre Mauvais EQRC [1 -0,8] ]0,8 -0,6] ]0,6 -0,4] ]0,4 -0,2] ]0,2 -0]
2 VALEUR DE RÉFÉRENCE

Pour chacune des 3 métriques, les valeurs de référence ont été définies à dire d' expert et avec des données de lagunes "de référence" caractérisées par l'absence de pressions anthropiques significatives et où les apports en eau douce sont peu chargés en nutriments.

• métrique 1 : RS > 3,

• métrique 2 : RR = 100%,

• métrique 3 : RT = 100%.

Cela correspond à une couverture végétale de 100%, composée d'un peuplement d' espèces de référence. Dans les conditions de référence, les EQR composition, abondance et macrophytes sont égaux à 1. Les seuils des classes sont ensuite définis à dire d' expert et les EQR correspondants sont définis par des classes d'amplitude égale (pas de 0,2), cf. ci-dessous pour l'EQRC.

CALCUL DE L'EQR DE COMPOSITION (EQRC)

Il prend en compte le pourcentage relatif de recouvrement des espèces de référence (RR), croisé avec la richesse spécifique (RS). Ce pourcentage est calculé pour l' ensemble des stations qui ont un recouvrement végétal total (RT) supérieur ou égal à 5%. Afin de définir un EQRC, il a été défini un pas de valeur de 0,2 afin de couvrir les cinq classes de qualités imposées par la DCE.

Pour calculer la valeur de l'EQRC, on utilise les critères d' encadrement des classes de qualité définies ci-dessus.

Recouvrement végétal total (RT) Recouvrement relatif des espèces de référence (RR) Richesse spécifique (RS) EQRC RT < 0,05 Non-défini RR ≥ 0,5 0,8 RR + 0,2 0,05 ≤ RR < 0,5 0,444 RR + 0,378 0 < RR < 0,05 0,4 RR + 0,2 RS ≥ 3 0,2 RS < 3 0,1 Le graphique ci-dessous peut également permettre de retrouver l'EQRMAC (moins précis) :

Les pourcentages des métriques

NOTE

Macrophytes en lagunes permanentes marinisées salinité > 18 ppt

ÉvaluatiOn de l'état de cOnservatiOn de l'habitat lagunes méditerranéennes (1150-2) L'objectif de cet indicateur est de caractériser les communautés de macrophytes des lagunes oligo-mésohalines (salinité entre 0,5 et 18 ppt) au travers de :

• l'analyse de la structure du peuplement végétal (abondance, composition et diversité de la flore), qui renseigne sur le fonctionnement de la masse d'eau, • et de la persistance dans le temps des espèces caractéristiques de l'habitat.

Cet indicateur ne s'applique pas si le recouvrement végétal total de la lagune est inférieur à 5%.

L'indicateur macrophyte des lagunes oligo-mésohalines de la DCE a fait l'objet d'une première proposition de métrique en 2014 (Sánchez & Grillas, 2014), révisée en 2017 (Sánchez et al., 2017). Les communautés macrophytiques (abondance et composition) sont fortement influencées par la disponibilité de la lumière dans l' eau. Ce paramètre est par conséquent pris en compte dans la méthode grâce à une quantification des matières minérales en suspension (MES minérales) qui ne résultent pas de l' eutrophisation.

INDICATIONS PRATIQUES

• Temps et coûts : les relevés de terrain et la détermination des espèces sous loupe binoculaire peuvent être chronophages selon la présence ou non de macrophytes, la surface à couvrir et la navigabilité de la pièce d' eau. Il faut, de plus, compter du temps pour le traitement des données (2-3 jours). L'obtention de la valeur de la MES minérale à chaque station nécessite une prestation externe (prévoir entre 7 et 10 euros TTC par échantillon à analyser). • Deux guides d'identification sont particulièrement conseillés dans le cadre de ce suivi :

-guide de reconnaissance et de suivi des macrophytes des lagunes du Languedoc-Roussillon, 2011. Ifremer, Cépralmar, Agence de l'Eau Rhône Méditerranée et Corse, Région LR; -guide des Characées de France méditerranéenne, 2016. ONCFS.

ATTENTION

L'année de suivi est importante à considérer avant la mise en place de cette évaluation. En effet, l'hydrologie peut considérablement impacter la présence/absence des macrophytes et constituer un biais non-négligeable pour l'interprétation des résultats. Pour cela, on pourra étudier les conditions climatiques pour viser une année représentative des conditions hydrologiques "normales", en comparant, a minima, les moyennes de pluviométrie de l'année (des mois de septembre à mai précédents) aux moyennes globales. -1 point tous les 100 ha pour les lagunes de plus de 1 000 ha, -1 point tous les 50 ha pour les lagunes entre 100 et 1 000 ha, -et pour les lagunes de moins de 50 ha, il est recommandé de faire une mesure centrale et d'y ajouter une ou plusieurs mesure(s) périphérique(s) pour plus de représentativité (hors protocole DCE).

Exemple d'application de la grille sur l' étang de Bolmon (600 ha, in [START_REF] Grillas | Étude pilote pour une évaluation de l' état des macrophytes des lagunes méditerranéennes oligo et méso-halines[END_REF]. 12 stations : 1 station pour 50 ha.

• Les peuplements de macrophytes seront mesurés entre mi-juin et fin juillet, qui correspond à la phase d'abondance maximale précédant d' éventuelles mortalités estivales. • Si toutes les lagunes ne peuvent être suivies la même année pour des raisons de logistique, une rotation est opérée.

Les différentes mesures effectuées sont :

Métrique 1. Recouvrement cumulé des espèces des groupes 1, 2 et 3 (cf. Tableau ci-dessous) et recouvrement cumulé des espèces des groupes 4 et 5. La métrique de l'indicateur macrophytes est basée sur un groupement des espèces potentiellement présentes dans ce type de lagunes. La constitution de ces groupes a été effectuée par Sánchez & Grillas (2012) et définis en fonction de la valeur indicatrice de chaque espèce. Les groupes reflètent un gradient de tolérance croissante à la dégradation du milieu, du premier groupe vers le cinquième :

• groupes 1, 2, 3 : ces espèces sont peu tolérantes à la turbidité et à un niveau trophique élevé du milieu, ne sont pas capables de survivre à une dégradation continue et poussée de leur habitat ; • groupes 4 et 5 : ces espèces sont tolérantes à l' eutrophisation du milieu et aux eaux turbides.

NOTE DE L'INDICATEUR

Les métriques précisent le recouvrement végétal (RV) cumulé des espèces des groupes cités précédemment. La prise de décision quant à la note de l'indicateur se fait suivant le tableau ci-dessous. Les valeurs de référence de la métrique 1 sont : RV (G1+2+3)> 80%, et RV (G4+5)<30%, pour la métrique 2 c'est le recouvrement total de Stuckenia pectinata<65%. Fragments fréquents (5% < surface < 25 %)

Métrique RV (G1+2+3) MES minérales Métrique RV S. pectinata Métrique RV (G4+5) Classe

Note [0-30%] Très bon 0 ]30%-100%] Bon -10 [0-30%] Moyen -20 ]30%-100%] Médiocre -30 [0-30%] Bon -10 ]30%-100%] Moyen -20 [0-30%] Moyen -20 ]30%-100%] Médiocre -30 [0-30%] Bon -10 ]30%-100%] Moyen -20 [0-30%] Bon -10 ]30%-100%] Moyen -20 [0-30%] Médiocre -30 ]30%-100%] Mauvais -40 ]5%-0] - - -
Fragments sur l'ensemble (25% < surface < 50%)

Taxon abondant (50% < surface < 75%)

Taxon sur tout l'appareil (surface > 75%)

Présence à proximité du point de prélèvement

ATTENTION

Pour les lagunes temporaires, il est important de cibler une année hydrologique représentative, ce facteur influençant grandement le développement de la végétation. Il est possible, en observant les précipitations hivernales de septembre à mai, de déterminer s'il s'agit d'une année "extrême" ou pas.

INDICATIONS PRATIQUES

PROTOCOLE

Pour l' échantillonnage à pied il est conseillé de progresser dans le sens contraire du vent pour limiter la turbidité liée au passage de l' observateur, ou bien de multiplier les placettes de taille plus petite autour d'un point d' observation.

L' évaluation du cortège floristique se fait par plusieurs relevés par pièce d' eau (cercles de 2 m de diamètre). La pression d' échantillonnage par pièce d' eau est définie en fonction de la surface de la lagune :

Les placettes sont ensuite réparties sur une grille, avec la possibilité de replacer 1/3 dans des zones d'herbiers si aucune placette n'inventorie une végétation. Ce plan d' échantillonnage a été déterminé par un comité d' experts lors de la première version de cette méthodologie [START_REF] Lepareur | État de conservation de l'habitat 1150 "Lagunes côtières[END_REF][START_REF] Boj | Test de la méthode d' évaluation de l' état de conservation des lagunes côtières Méditerranéennes à l' échelle du site Natura 2000 des étangs palavasiens -Suivi de l'indicateur "Macrophytes[END_REF]. Deux groupes floristiques ont été constitués pour chacun des sous-types de lagunes temporaires définies (flore de référence et flore indicatrice d'une dégradation) ainsi que la salinité de la lagune qui est à considérer (salinité inférieure ou supérieure à 18 ppt), les listes étant différentes selon le cas : Nombre de placettes à évaluer.

Liste des espèces floristiques de référence et indicatrices d'une dégradation en fonction de la salinité de la lagune temporaire. Pour chaque espèce indicatrice d'une dégradation, le type de dégradation dont elle témoigne est précisé entre parenthèses.

A : adoucissement S : manque d'assec E : eutrophisation (Com. pers. Mouronval, Grillas & Sánchez, 2016)

NOTE DE L'INDICATEUR

Les moyennes de recouvrement cumulées en espèces de référence (RR) et indicatrices de dégradation (RD) sont calculées par rapport à la surface de la pièce d' eau à partir des recouvrements par placette. Les moyennes obtenues sont mises en regard de la grille ci-dessous pour déterminer la note de l'indicateur.

Modalités

Note Flore indicatrice d'une dégradation (RD) Flore de référence (RR) RD ≤ 1 % -0 RR ≥ 30 % -10 RR < 30% -20 RR ≥ 30 % -30 RR < 30% -40

PRÉCISIONS

Certaines espèces de référence présenteront un recouvrement faible même lorsque les conditions du milieu sont idéales. Ainsi, si les seules espèces de référence présentes sont les Tolypella spp., mais qu' elles recouvrent moins de 30 % de la pièce d' eau, cela n'indique pas forcément de dégradation. Dans ce cas, à partir d'un recouvrement supérieur à 1%, il sera possible de relever la note d'un niveau (+10). L'objectif de cet indicateur est de formaliser un indice traduisant le développement de l'herbier de Magnoliophytes marines en lien avec son niveau optimal [START_REF] Papuga | Mise au point d'un indicateur de l' état de conservation des lagunes côtières basé sur les herbiers[END_REF]. En effet, s'il est impossible de mesurer le taux de développement de l'herbier nécessaire au maintien de l' écosystème sur le long terme, il est possible de construire une carte de colonisation potentielle en l'absence d'impact humain.

Cette méthode de caractérisation des Magnoliophytes marines fait référence à celle utilisée pour les zostères sur la côte Atlantique française, selon un protocole compatible avec la DCE (Ifremer, 2005a ;Ifremer, 2005b).

INDICATIONS PRATIQUES

• Temps et coûts : le coût et le temps à consacrer à la réalisation de la cartographie initiale sont élevés. Dans le cas contraire, un suivi annuel coûtera entre 2 000 et 8 000€ pour un rapport de résultats plus complet (Source : SEANEO, 2016). L'utilisation de photographies aériennes augmente ces coûts : 1 200€ pour 1 000 ha (prises et traitements photos ; coût estimatif). Un à deux jours de terrain ainsi que quelques jours d'analyses sont nécessaires pour cet indicateur. • Pour diminuer le coût lié à l'achat de photographies aériennes ou d'images satellite, prendre les contraintes les plus restrictives pour l'achat d'une seule image servant à la fois à l'indicateur I01 "surface de l'habitat" et I03 "surface de l'herbier". • Un suivi régulier tous les 3 ans permet d' obtenir des données intéressantes afin d' observer des tendances et des variations fines et la mise en place de mesures de gestion adéquates.

PROTOCOLE L'intégralité de la lagune est analysée pour cet indicateur.

Cet indicateur est basé sur la création de deux cartes par pièce d' eau :

• une carte de la surface colonisée par l'herbier est créée par des relevés de terrain (à l'appui d'images issues de photos aériennes ou de prospection en plongée, à pied ou en kayak). Afin de lisser les contours de façon homogène, une carte de la surface concernée (enveloppe globale) par l'herbier est réalisée. Le contour de chaque tâche est redessiné avec une précision fixe (les zones dépourvues d'herbier sont cartographiées "sans herbier" à partir d'une taille équivalente à un cercle de diamètre 20 m ; deux herbiers sont considérés comme distincts dès lors qu'ils sont séparés par une bande de 20 m ayant un recouvrement en phanérogames nul ou inférieur à 5%) ; • une carte de la surface potentielle, adaptée à chaque situation locale. Pour cela, il est nécessaire de soustraire à la surface totale de la lagune des "filtres" correspondant à des zones dépourvues d'herbier, afin de délimiter une zone constituant une référence de développement potentiel.

Le filtre de la profondeur : le développement des herbiers étant limité par la pénétration de la lumière (zone euphotique), il convient de procéder tout d'abord à une délimitation des zones pouvant les accueillir. Les lagunes de petite taille ou de faible profondeur seront alors considérées intégralement tandis que pour les lagunes plus grandes et profondes, seul le littoral et les zones de haut-fond seront pris en compte. Cette délimitation peut se faire grâce à des images aériennes ou satellites ou grâce à une étude de la topo-bathymétrie de la lagune.

Surface des herbiers

Une vérification de terrain est à réaliser (pointage GPS) pour la photo-interprétation

Corse Le filtre historique : des cartographies historiques des herbiers peuvent apporter des éléments sur la répartition des phanérogames à l' échelle d'une pièce d' eau. Des zones naturellement dépourvues d'herbiers peuvent ainsi être exclues de la cartographie potentielle (e.g. berge battue par le vent). Il convient cependant de manier ces données avec précaution, en raison de la fréquente imprécision de ces cartes.

Le filtre du substrat : certains substrats ne permettent pas l'installation et le développement d'un herbier (e.g. rochers).

Le filtre de stochasticité : certaines zones peuvent être naturellement soumises à de très fortes variations inter-annuelles du développement des herbiers, causées par des variables environnementales (e.g. vent, ensoleillement) indépendantes des pressions humaines. Il convient alors à l'expert de ne pas prendre en compte ces zones, puisque l'interprétation des résultats ne traduirait pas une modification de l' état de conservation de la lagune, mais un aléa climatique.

Ces filtres se superposent afin de former une zone dépourvue d'herbier, qui par contraste va délimiter la surface potentielle de développement de l'herbier.

NOTE DE L'INDICATEUR

Les deux cartes obtenues permettent de calculer un rapport donnant un indice de développement de l'herbier par rapport à son potentiel :

Ce résultat est replacé dans la grille ci-dessous pour obtenir la note correspondante :

Modalités Note Rapport ≥ 0,7
[l'herbier est développé à plus de 70% de son potentiel] 0 0,7< Rapport> 0,4 [l'herbier est développé à plus de 40% de son potentiel] -20 Rapport ≤ 0,4 [l'herbier est développé à moins de 40% de son potentiel] -40

INDICATIONS SUR LES MOYENS TECHNIQUES POUVANT ÊTRE UTILISÉS :

• La prospection de terrain à pied ou en kayak, à l'aide d'une lunette de Calfat et d'un GPS, permet de détourer le contour des herbiers d'une manière simple et précise. La précision est fonction de l' effort d' échantillonnage mis en place. • Les images satellites Sentinel de résolution 10-20 cm (cf. travail sur l' étang du Bagnas) pour des grandes lagunes (voir un spécialiste). • L'utilisation d'un drone ou d'un autogire doté d'un appareil photo permet d'apporter une résolution ainsi qu'une géolocalisation précises.

Néanmoins la réglementation sur l'utilisation des drones est contraignante dans les espaces naturels protégés. • La photo aérienne par avion : un transect est suivi par un avion qui prend des photos, qui seront ensuite géolocalisées. La précision de résolution est légèrement inférieure à la méthode précédente, mais la géolocalisation est très précise. Les herbiers peuvent ainsi être détourés avec une précision de l' ordre de 30 à 50 cm. • L'imagerie hyperspectrale aéroportée (cf. travaux sur l' étang de Berre en 2017-2018 ).

NB sur le type d'herbier -Les distinctions entre les herbiers de zostères (Zostera spp.) et de ruppies spiralées (Ruppia cirrhosa) ne sont généralement pas possibles. Trop peu d' éléments concernant leur écologie sont connus. Cependant, certaines méthodes permettent de distinguer les herbiers monospécifiques des herbiers plurispécifiques, ainsi que les espèces de phanérogames des macroalgues.

INDICATIONS PRATIQUES

• Coûts faibles grâce à la combinaison des relevés nécessaires pour la réalisation d'autres indicateurs (cf. Indicateurs i02 "Macrophytes", i03 "surface herbiers", i08 "nature des berges"). Une certaine expertise est cependant nécessaire (reconnaissance des EVEE), ce qui pourra éventuellement augmenter les coûts et demander un temps de préparation important. L'objectif de cet indicateur est de permettre une évaluation représentative des communautés d'invertébrés benthiques afin de pouvoir identifier les potentielles sources de perturbation de la lagune. Il est à noter que cet indice présente des limites lorsqu'il est appliqué aux secteurs de salinité faible. L'indicateur Invertébrés benthiques s'appuie sur l'indice M-AMBI. L'indice M-AMBI a été développé afin de caractériser l' enrichissement du substrat en lien avec les communautés d'invertébrés benthiques présentes [START_REF] Borja | Guidelines for the use of AMBI (AZTI's marine biotic index) in the assessment of the benthic ecological quality[END_REF][START_REF] Forchino | Evaluating the influence of off-shore cage aquaculture on the benthic ecosystemin Alghero Bay (Sardinia, Italy) using AMBI and M-AMBI[END_REF].

Note importante : pour les lagunes ne bénéficiant pas du suivi DCE, la mise en place de relevés à l' échelle locale est complexe. L' outil ne s'applique qu'aux substrats meubles des lagunes poly-eu-halines, échantillonnés en zone centrale de la lagune. L' échantillonnage nécessaire au calcul de l'indice M-AMBI peut se révéler complexe à mettre en place sans expérience préalable. Ces relevés nécessitent un matériel spécifique (Ifremer, 2010) et l'assistance d'un expert pour l'identification des espèces. De plus le calcul de l'indice M-AMBI nécessite une mutualisation de toutes les données de la façade pour que celui-ci soit pertinent. Même si un échantillonnage à l' échelle locale était effectué, les données brutes devraient donc ensuite être transmises à une structure ayant la compétence pour le traitement des données.

INDICATIONS PRATIQUES

• Temps et coûts : l' expertise nécessaire à l'identification des espèces benthiques est indispensable et représente un coût non négligeable. L'identification par une personne néophyte est très chronophage et complexe. [START_REF] Borja | Guidelines for the use of AMBI (AZTI's marine biotic index) in the assessment of the benthic ecological quality[END_REF] donnent des recommandations pour l'utilisation de l'AMBI (qui entre dans le calcul de l'indice M-AMBI) et précisent que dans les situations où peu de taxa sont présents, ainsi que dans des systèmes à faible salinité ou ayant un état perturbé naturel, l' outil risque d' être moins robuste. Dans des milieux lagunaires, les résultats de l'AMBI et du M-AMBI doivent être interprétés avec précaution et toujours en association avec d'autres informations.

PROTOCOLE Le protocole est issu directement de Andral & Sargian (2010).

Cet indicateur doit être relevé en même temps que l'indicateur I02a, b, c "Macrophytes" pour tenir compte des paramètres comme la couverture végétale qui peuvent influencer la distribution de la macrofaune benthique.

Pour le suivi de la macrofaune benthique dans les lagunes méditerranéennes, 1 à 3 stations centrales sont échantillonnées sur chaque lagune. Pour chaque station, 3 sous-stations sont réalisées, espacées d'une dizaine de mètres, pour une meilleure représentativité de la zone prospectée. Chaque sous-station se compose de quatre réplicats, séparés de quelques mètres l'un de l'autre. Le prélèvement d'un réplicat est réalisé à l'aide d'une benne Eckman-Birge d'une surface de 0,0225 m². Chaque sous-station (4 réplicats) correspond ainsi à 0.09m² de sédiment prélevé. La surface totale échantillonnée est donc de 0,27 m² par station [START_REF] Andral | Caractérisation et évaluation des paramètres hydromorphologiques des lagunes du bassin Rhône -Méditerranée et Corse dans le cadre de la DCE[END_REF]. Une benne supplémentaire est prélevée pour les analyses de teneur en matière organique et de granulométrie. NB : dans le cadre de la DCE, l'échantillonnage doit se faire dans une zone "nue". L' opération est répétée tous les 2 à 3 ans, de préférence entre mai et juin [START_REF] Guillaumont | Recommandations pour un programme de surveillance adapté aux objectifs de la DCE[END_REF]. Les prélèvements seront effectués de préférence avant les mortalités estivales et en évitant la période hivernale.

Les échantillons prélevés sont tamisés sur un tamis de vide de maille de 1 mm. Le refus du tamis contenant la faune benthique mélangée à des particules grossières, des débris coquilliers et autres fragments, est conditionné dans des flacons avec une solution aqueuse de formaldéhyde à 4%. À partir de ces données, il est possible de calculer plusieurs indices qui entrent dans le calcul de l'indice M-AMBI. Ainsi, l' équilibre écologique du peuplement d'un écosystème est apprécié par le calcul de l'indice de Shannon-Weaver (H')

INDICE DE SHANNON-WEAVER (H')

L'indice de Shannon-Weaver (H') est un indice de diversité qui prend en compte à la fois la richesse spécifique et l'abondance relative de chaque espèce :

S : nombre total d' espèces ; p i : proportion de l' espèce i (abondance de l' espèce i / abondance totale des espèces)

AZTI MARINE BIOTIC INDICE (AMBI)

L'AMBI [START_REF] Borja | A marine biotic index to establish the ecological quality of soft-bottom benthos within european estuarine and coastal environments[END_REF], appelé aussi coefficient benthique (CB) est basé sur les successions écologiques [START_REF] Pearson | Macrobenthic succession in relation to organic enrichment and pollution of the marine environment[END_REF]. Les groupes écologiques, au nombre de 5 (GI, GII, GIII, GIV et GV), sont basés sur la polluo-sensibilité des espèces : On peut noter que dans cette même publication, l'auteur suggère la mise en place d'une liste propre à la côte méditerranéenne pour plus de précision.

Enfin, le M-AMBI est calculé à partir de ces différents indices. Outre sa sensibilité à l' enrichissement organique des sédiments, cet indice répond aussi à l' eutrophisation (teneurs des eaux en azote et en chlorophylle a et variations en oxygène dissous). Cet indice peut en outre être sensible à d'autres types de perturbations telles que des pollutions chimiques humaines ou des perturbations physiques du milieu.

M-AMBI

Le M-AMBI a été mis au point par l' équipe de l'AZTI pour permettre de compléter les résultats obtenus avec l'AMBI. Le calcul de cet indice est dérivé, par analyse factorielle, de l'AMBI, de la richesse spécifique et de l'indice de Shannon [START_REF] Muxika | Using historical data, expert judgement and multivariate analysis in assessing reference conditions and benthic ecological status, according to the European Water Framework Directive[END_REF]) sur un ensemble de stations (1 à 3 stations par lagune). Pour ce calcul, il est nécessaire de définir des stations théoriques ou réelles, considérées comme "station de référence haute" et "station de référence basse". La station de référence haute est une station théorique qui prend comme valeur la meilleure de chaque indice de l' ensemble des résultats obtenus lors des campagnes DCE sur les lagunes1 . La station de référence basse est aussi une station théorique correspondant aux pires résultats possibles.

Cependant, il faut faire attention à l'interprétation des résultats donnés par le M-AMBI. Si les valeurs des stations de référence haute et basse sont modifiées, alors les résultats du M-AMBI vont varier. Ces résultats doivent être interprétés pour un "pool" de stations données. Pour comparer des stations entre elles, elles doivent avoir été calculées avec les mêmes "station de référence haute" et "station de référence basse". Les 5 classes de qualité sont définies sur la différence entre ces deux stations.

NOTE DE L'INDICATEUR

L'intégration de l'indice M-AMBI se fait directement en reliant la classe de l'indice à la note (ci-dessous).

Indicateurs liés :

Entre avril et août

INDICATIONS PRATIQUES

• Diphényléthers bromés (5) 0,014 0,0085 (6)

Cadmium et ses composés 0,2 ≤ 0,45 (classe 1) 0,45 (classe 2) (suivant les classes de dureté de l'eau) (6) 0,6 (classe 3) 0,9 (classe 4) 1,5 (classe 5) (6 bis) Tétrachlorure de carbone (7) 12 sans objet (7) Chloroalcanes C10-13 (8) 0,4 1,4 16600 (8) Chlorfenvinphos 0,1 0,3 (9) Chlorpyrifos (éthylchlorpyrifos) 0,03 0,1 (9 bis) Pesticides cyclodiènes : Aldrine ( 7) Dieldrine (7) Σ = 0,005 sans objet Endrine ( 7) Isodrine (7) (9 ter) DDT total (7), (9) 0,025 sans objet para-para-DDT (7) 0,01 sans objet ( 10 POCIS (Polar Organic Chemical Integrative Sampler) : échantillonneur passif qui ciblent les polluants polaires (composés ayant une affinité avec l'eau et qui se répandent par ce vecteur, par exemples : herbicides, fongicides, alkylphénols), utilisés pour surveiller la pollution des eaux superficielles ou souterraines.

Renaturation : le mot renaturation ou renaturalisation est associé à celui de réparation. Il désigne notamment les processus par lesquels les espèces vivantes recolonisent spontanément un milieu ayant subi des perturbations écologiques. Il désigne aussi les opérations d'aménagements et de gestion restauratoire puis conservatoire consistant à restaurer le "bon" état écologique et paysager de sites que l'on estime dégradés par les activités humaines, les événements naturels (glissements de terrains, inondations) ou par l'absence de certains animaux (e.g. grands ou petits herbivores, fouisseurs).

Réplicat : résultat d'une mesure qui a été dupliquée (reproduite) plusieurs fois sur un même échantillon. L'objectif de cette démarche est de valider la méthode de dosage ou bien d'évaluer les incertitudes de la mesure.

Taxon : groupe faunistique ou floristique correspondant à un niveau de détermination systématique donné : classe, ordre, genre, famille, espèce.

Turbidité : caractère d'une eau dont la transparence est limitée par la présence de matières solides en suspension entraînées par des courants et des tourbillons intenses. Trajectoire écologique : évolution du biotope et de la biocénose dans un écosystème au cours du temps. La trajectoire d'un écosystème intègre son histoire et en particulier les contraintes et les forçages anthropiques qu'il a subis.

SBSE

À

  noter que les estimations de coûts ont été produites sur la base de devis reçus et pour les durées estimées sur la base des retours d' expérience propres à l'utilisation des indicateurs. Dans le cas où les structures opératrices du site Natura 2000 n' ont pas les moyens ou l' expertise nécessaires à l' évaluation de certains indicateurs, ils pourront se concentrer sur les 7 indicateurs indiqués comme "Prioritaires". Étang de la Marette -S. Baudouin Pointe de Beauduc -M. Gauthier-

PARTIE 3 -

 3 coût et le temps augmentent suivant le besoin d'une cartographie initiale | ** : variable suivant le niveau d' expertise requis | Temps annuel : t : < ou = à 2h ; tt : entre 2h et 2jrs ; ttt : > à 2jrs ; Coût annuel : € : < 500€ ttc ; €€ : entre 500€ et 5000 € ttc ; €€€ : > 5000€ ttc rencontrés sur le document A3 et les fiches techniques : Type de lagunes Coût Temps Les indicateurs prioritaires sont ceux indispensables à l' évaluation pour l' obtention de la note finale à l' échelle du site. Des renseignements sur la périodicité de mise en oeuvre de l'indicateur Les indicateurs liés sont ceux précisés dans le tableau et applicables sur le terrain au même moment que l'indicateur ciblé dans la fiche. Cela aide à optimiser le temps et parfois les coûts de mise en oeuvre. Fiches techniques Indicateurs de l'évaluation.

Fiche

  l'habitat "Lagunes côtières" pour la façade méditerranéenne . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . PARTIE 2 Préparer son évaluation de l'habitat lagunes méditerranéennes (1150*-2) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . • Tableau de synthèse des 12 indicateurs et chronologie de l'évaluation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . • Aide à la préparation de l'évaluation : campagne d' échantillonnage et intégration des données brutes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

  liste non exhaustive) ont proposé une définition d'une lagune méditerranéenne. L' ensemble de cette bibliographie permet de distinguer trois grands types de milieu lagunaire : (i) les lagunes permanentes poly-euhalines dont la salinité est proche du milieu marin, et qui ne s'assèchent pas selon une dynamique saisonnière, (ii) les lagunes permanentes oligo-mésohalines, dont la salinité n' excède rarement 18 ppt et dont l'assèchement est exceptionnel et enfin (iii) les lagunes temporaires. Leur fonctionnement hydrologique est dépendant des apports marins, d' eau douce (e.g. cours d' eau, pluviaux, ruissellement) ou des lagunes périphériques. La phase d'assec des lagunes temporaires en période estivale peut être plus ou moins longue (entre 1 à 6 mois).

  La végétation est donc un excellent indicateur des conditions hydrologiques (salinité, submersion) saisonnières. Ainsi sur une surface restreinte, nous pouvons distinguer des plantes : • xérophytes (supportant la sécheresse et nécessaires au maintien des dunes sableuses). Concernant les espèces assez éloignées du plan d' eau et situées sur la dune, nous pouvons retrouver Ammophila arenaria arundinacea (bon indicateur de l'état de conservation du milieu) et pour des espèces plus proches du plan d' eau Elytrigia atherica; • mésophiles (vivant dans des conditions moyennes de valeur d'un facteur écologique, notamment d'humidité, de température, de richesse du sol). Nous pouvons les rencontrer dans les parties hautes des marais, dans les prairies plus ou moins humides d'arrière-dune ou en période de sécheresse aux abords des lagunes temporaires (e.g. Scirpoides holoschoenus); • hygrophiles (ayant besoin d'un sol gorgé d' eau ou recouvert d'une mince couche aqueuse ; e.g. Phragmites australis, Typha ssp., Bolboschoenus ssp.); • hydrophiles (vivant immergées dans l' eau ; e.g. Ruppia cirrhosa, Zostera noltei, Potamogeton pectinatus, Gracilaria spp., Lamprothamnium spp., Ulva spp.). Concernant la végétation immergée, elle est directement liée à la salinité des eaux. Dans les étangs à affinités d' eau douce (limniques) et le long des arrivées d' eau douce se développe une végétation dulçaquicole (e.g. Stuckenia pectinata, Myriophillum spicatum, Najas marina ; Handley & Davy,

  Ces connaissances sont d'ailleurs bien souvent parcellaires et inexistantes sur l'ensemble des milieux lagunaires concernés. Pour l'habitat "lagunes méditerranéennes" nous avons, et continuons d'acquérir, des connaissances sur les compartiments biologiques, le fonctionnement hydrologique et la qualité physico-chimique des lagunes permanentes et plus spécifiquement celles classées par la France dans la catégorie "eaux de transition" dans le cadre de la Directive cadre sur l' eau (DCE). En revanche, nous n'avons que peu, voire pas du tout, de connaissances sur la surface couverte par les lagunes temporaires et leur fonctionnement.Effectuer l' évaluation d'un site Natura 2000 tous les 6 ans permet d'assurer un suivi à pas de temps régulier selon les critères fournis. En effet, il sera possible de lier, d'une part, l' état de conservation de cet habitat, tout ou partiellement, avec les mesures de gestions effectives, en intégrant d'autre part la contribution des actions de gestion menée à l' échelle du bassin versant. Les résultats pourront également être des outils d'aide à la décision et appuyer une priorisation des actions de gestion à la faveur de l'habitat et des espèces qu'il abrite.

  Sédiment * : le coût et le temps augmentent suivant le besoin d'une cartographie initiale | ** : variable suivant le niveau d' expertise requis | Temps annuel : t : < ou = à 2h ; tt : entre 2h et 2jrs ; ttt : > à 2jrs ; Coût annuel : € : < 500€ ttc ; €€ : entre 500€ et 5000 € ttc ; €€€ : > Tableau de synthèse des 12 indicateurs et chronologie de l'évaluation

  par l'habitat est un indicateur essentiel dans l'évaluation de l'état de conservation au titre de la DHFF[START_REF] Viry | État de conservation des habitats humides et aquatiques d'intérêt communautaire. Méthode d'évaluation à l' échelle du site[END_REF]. Les lagunes sont soumises à de fortes variations environnementales saisonnières (e.g. durée et période d'exondation en fonction de la profondeur de ces milieux). L'objectif de cet indicateur est de pouvoir évaluer la surface au travers d'une tendance et non de la chiffrer à un instant t.Deux situations sont à distinguer :• les pertes d' origine anthropique, correspondant aux remblais ou aux drainages ; • et les pertes d' origine naturelle, correspondant aux dynamiques naturelles qui peuvent favoriser une extension des écosystèmes adjacents.

  Coûts et temps : si la cartographie existe déjà, le coût et le temps impliqués sont faibles. Cependant, s'il s'agit de la réalisation d'une première cartographie du site, les coûts sont plus élevés (30 000€, source : Syndicat mixte des étangs littoraux) et il faudra y passer plus de temps. • Pour diminuer le coût lié à l'achat de photographies aériennes ou d'images satellite, prendre les contraintes les plus restrictives pour l'achat d'une seule image servant aux 2 indicateurs I01 "surface de l'habitat" et I03 "surface de l'herbier". • Un suivi additionnel (tous les 2-3 ans) permet d' obtenir des données intéressantes afin d' observer des tendances et des variations fines de la surface de l'habitat (e.g. perte d'habitat). Cette périodicité est d'autant plus importante pour les lagunes temporaires dont la surface va être fortement impactée par l'avancée de l'assec. PROTOCOLE L' échantillonnage se fait de manière systématique sur toutes les pièces d' eau du site. L'évaluation de la perte de surface est réalisée en comparant une surface observée à une surface de référence. Cette référence est définie par la surface identifiée dans le DOCOB, ou si ce n' est pas satisfaisant, par la surface fixée lors de la première évaluation de l' état de conservation, qui doit tenir compte de la surface totale de l'habitat. L' évolution de la surface doit être mesurée par combinaison d'un Système d'Information Géographique (SIG) et de vérifications terrain. Les données SIG peuvent être obtenues gratuitement (e.g. BD Topo de l'IGN, Géoportail). Une résolution de 30 m minimum est conseillée (les images obtenues par Spot ou Landsat auront généralement une résolution minimale de 10 à 30 m).

  de la pièce d' eau (pour les grandes masses d' eau). Il faut, de plus, compter du temps pour le traitement des données (2-3 jours). • Pour les lagunes suivies par la DCE, les données relatives à cet indicateur peuvent être obtenues en contactant l'Ifremer. * L'arrêté du 27 juillet 2015 modifiant l'arrêté du 25 janvier 2010 relatif aux méthodes et critères d' évaluation de l' état écologique, de l' état chimique et du potentiel écologique des eaux de surface pris en application des articles R. 212-10, R. 212-18 du code de l' environnement. ** Les macrophytes intégrent les macroalgues et les phanérogames (herbiers de zostères). Ces dernières sont considérées pour la plupart (Zostères, Ruppia et Cymodocées) comme des espèces de référence, c' est-à-dire caractéristiques d'un milieu lagunaire en bon état. Les lagunes marinisées font référence aux lagunes polyhalines (salinité : 18-30 ppt) et euhalines (salinité : 30-40 ppt) ON CONSIDÈRE ICI LES LAGUNES DONT LA SALINITÉ EST SUPÉRIEURE À 18 ppt Ruppia cirrhosa -J.B. Mouronval Lagunes permanentes Coût moyen à élevé Temps élevé 21 Fiches techniques des indicateurs de l' état de conservation des lagunes méditerranéennes | Indicateur n°2a | Macrophytes en lagunes permanentes marinisées | Page A indicateur PROTOCOLE Un réseau de stations d' échantillonnage est établi sur le principe d'un maillage régulier, à raison de :• 1 point tous les 100 ha pour les lagunes de plus de 1 000 ha,• 1 point tous les 50 ha pour les lagunes entre 100 et 1 000 ha,• pour les lagunes de moins de 50 ha, il est recommandé de faire une mesure centrale et d'y ajouter une ou plusieurs mesure(s) périphérique(s) pour plus de représentativité (hors protocole DCE).Les campagnes de prélèvement se déroulent lors de la période de pic d'abondance maximale (fin mai à fin juin) et avant les mortalités estivales(Circulaire DCE 2007/20). Les points dont la profondeur est supérieure à 6 m (réputés sans herbiers) doivent être replacés dans une zone de moindre profondeur. Si toutes les lagunes ne peuvent être suivies la même année pour des raisons de logistique, une rotation est opérée.Ce pas de temps entre plusieurs sessions sera donc à repréciser dans les rapports issus de l' évaluation (fiches FSD 1 , DOCOB). Un plan d' échantillonnage aléatoire représentatif de l'intégralité du site est nécessaire pour les sites de plus de 100 pièces d' eau.

24

  2 et 3 sont ici transformés en nombres décimaux. Le résultat de l'EQRc est arrondi à la deuxième décimale.La formule de l'EQRC sous tableau excel est la suivante : =SI(RT<0,05;"nd";ARRONDI(SI(ET(RS<3;RR=0);0,1;SI(ET(OU(RS>3;RS=3);RR=0);0,2;SI(RR<0,05;0,4*RR+0,2; SI(ET(OU(RR>0,05;RR=0,05);RR<0,5);0,444*RR+0,378;0,8*RR+0,2))));2))4 CALCUL DE L'EQR D'ABONDANCE (EQRA)Le paramètre utilisé pour le calcul de l'indice d'abondance est le taux de recouvrement végétal total (RT) qui s'applique à l' ensemble des stations d' échantillonnage, avec une valeur comprise entre 0 et 1 la métrique 3 sont ici transformés en nombres décimaux.L'EQRA est arrondi à la seconde décimaleLa formule sous tableau Excel est la suivante : =ARRONDI(SI(RV<0,05;RV*4; SI(ET(OU(RV>0;5;RV=0,05);RV<0,25);RV+0,15;RV*0,8+0,2));2) Fiches techniques des indicateurs de l' état de conservation des lagunes méditerranéennes | Indicateur n°2a | Macrophytes en lagunes permanentes marinisées | Page Indicateur n°2a | Macrophytes en lagunes permanentes marinisées | Page D Macrophytes dans l'étang de Thau -M. Foulquié Etang de Thau -Y. Gouguenheim / Image & Rivière

  DE L'INDICATEUR L'intégration de cet indicateur, développé dans le cadre de la DCE, dans la méthode calibrée pour répondre aux objectifs Natura 2000 se fait en combinant les classes de EQRMAC avec les modalités/notes nécessaires à la présente méthode. PRÉCISIONS • Quand le recouvrement végétal total est inférieur à 5%, on considère que l' on ne peut pas faire le diagnostic de la composition du peuplement, celui-ci étant trop réduit pour être représentatif. • Ces formules de calcul peuvent être appliquées soit au niveau d'une station soit au niveau d'une masse d' eau ou d'une lagune. Dans ces derniers cas, ce sont les valeurs moyennes sur l' ensemble des stations des paramètres caractérisant les peuplements (RT, RR et RS) qui sont utilisées. Pour la richesse spécifique, en cas de calcul de moyenne pour une lagune ou une masse d' eau, la valeur retenue est l'arrondi à l' entier le plus proche. • Un outil de calcul automatisé des EQR est fourni en complément de cette fiche indicateur (cf. annexe 2).

  entrez la date entrez le nom de la pièce d'eau entrez le numéro de la zone de relevé entrez la salinité mesurée (facultatif) d' eau lagunaires oligo et mésohalines suivies dans le cadre de la DCE, des classes sont attribuées pour qualifier l' état de la masse d' eau pour le compartiment des macrophytes. Celles-ci seront reprises directement pour noter l'indicateur I02b des lagunes suivies par ces programmes de surveillance.

Colmet

  indicateurs de l' état de conservation des lagunes méditerranéennes | Indicateur n°2b | Macrophytes en lagunes permanentes peu salées | Page A indicateur PROTOCOLE L' échantillonnage recommandé correspond à celui de l'indicateur "macrophytes" des lagunes poly-euhalines dont la salinité est supérieure à 18 ppt. • Un réseau de station d' échantillonnage est établi sur le principe d'un maillage régulier (Figure ci-contre). Le plan d' échantillonnage recommandé est le suivant :

Métrique 2 .

 2 Recouvrement total de Stuckenia pectinata. Ce seuil est donné selon un avis d' expert, considérant que si Stuckenia pectinata est une espèce abondante dans les lagunes peu salées, une forte dominance (très fort recouvrement) indique une perturbation du peuplement de macrophytes par l' eutrophisation. espèces de référence selon leur valeur indicatrice pour les lagunes permanentes oligo et mésohalines.• Tracheophytes, • Charophytes , • Rhodophytes, • Chlorophytes Métrique 3. Mesure du taux de matière minérale en suspension (MES minérales). Sur la station un échantillon d' eau d'environ 100 ml est prélevé (il est possible de le prévoir en même temps que les relevés des indicateurs I10 "Colonne d' eau", I12 "Sédiments" ou I11 "Contaminants chimiques"). L'obtention et l'analyse de la MES minérale après calcination des échantillons filtrées est à prévoir en prestation externe. Néanmoins il est possible de prévoir de filtrer l'échantillon d'eau avec des filtres en fibre de verre de type Whatman GFC de 47mm qui auront été préalablement pesés.L' observation des macrophytes est effectuée à l'aide d'un râteau depuis un bateau/kayak[START_REF] Grillas | Étude pilote pour une évaluation de l' état des macrophytes des lagunes méditerranéennes oligo et méso-halines[END_REF]. Dans chaque station, un point fixe est déterminé aléatoirement et les mesures s' effectuent à partir de ce point, sur un transect de 30 m dans une direction choisie (préférentiellement dans le sens du vent pour faciliter la manoeuvre). Les relevés de macrophytes sont alors réalisés tous les 1 m le long du transect (cf. Figure ci-dessous). La manipulation du râteau comporte au moins un tour complet sur lui-même au contact du fond. Le point de départ et d'arrivée de chacun des transects fait l' objet d'un relevé GPS. La lunette de Calfat permet de faciliter les observations visuelles depuis la surface pour de très faibles profondeurs. Pour les plus grandes profondeurs, les observations seront à réaliser en plongée sous-marine 29 Fiches techniques des indicateurs de l' état de conservation des lagunes méditerranéennes | Indicateur n°2b | Macrophytes en lagunes permanentes peu salées | Page C i2b L'abondance des taxons récoltés est évaluée pour chaque espèce selon un coefficient de 1 à 5 : Méthode d' évaluation de l'abondance relative des espèces récoltées au râteau (Photos du râteau : K. Lombardini). Un recouvrement par espèce et par groupe est calculé. Il s'agit de la somme des coefficients d'abondance par points de mesure, divisé par la valeur maximale possible sur le transect (Exemple 5 x 30 points d'échantillonnage = 150). Un recouvrement de 100% pour une espèce se traduit par l'attribution d'un coefficient de 5 pour les 30 points d' échantillonnage au sein d'une placette. Les recouvrements par groupes (recouvrements d' espèces cumulés) peuvent donc dépasser 100% et sont donc ramenés à cette valeur maximum.

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  Indicateur n°2b | Macrophytes en lagunes permanentes peu salées | Page B

  espèces de référence pour les lagunes oligo et mésohaline : •Tracheophytes,

PRIORITAIRE 3

 3 passages : avril-mai-juin Indicateurs liés : Marais de Macinaggio -L. Sorba L'objectif de l'indicateur "macrophytes" est de caractériser les communautés de macrophytes des lagunes au travers : • de l'analyse de la structure du peuplement végétal (abondance, composition et diversité de la flore), qui renseigne sur le fonctionnement de la masse d' eau, • et de la persistance dans le temps des espèces caractéristiques de l'habitat. L'indicateur "macrophytes" I02c prend en considération le recouvrement d' espèces floristiques de référence et celles indicatrices d'une dégradation sur les lagunes temporaires de salinité inférieure ou supérieure à 18 ppt. Cet indicateur ne s'applique pas dans le cas d'une flore nulle ou quasi-nulle (<1% de recouvrement).

•

  Coût et temps : les relevés de terrain et la détermination des espèces sous loupe binoculaire peuvent être très chronophages. La durée variera en fonction de la présence ou non de macrophytes, la surface à couvrir et la navigabilité de la pièce d' eau (pour les grandes masses d' eau). Il faut, de plus, compter du temps pour le traitement des données (2-3 jours). • À noter que la fréquence de relevé permet d' obtenir également des données intéressantes pour observer des débuts de tendances et des variations fines de la composition en macrophytes. Un suivi additionnel tous les 2-3 ans peut être mis en place par le gestionnaire. Macrophytes en lagunes temporaires Lagune temporaire aux salines de Villeneuve -R. Paradis Changement climatique et données météorologiques infra-régionales en Méditerranée occidentale. Intégration des connaissances pour les projets "eaux de transition en Méditerranée" Département Océanographie et Dynamique des Ecosystèmes Laboratoire Environnement Ressource Provence Azur Corse Auteurs : Colmet-Daâge R., Malet N., Dufresne C. 2019 Coût élevé Temps important Lagunes temporaires Fiches techniques des indicateurs de l' état de conservation des lagunes méditerranéennes | Indicateur n°2c | Macrophytes en lagunes temporaires | Page A indicateur

FICHE

  indicateurs de l' état de conservation des lagunes méditerranéennes | Indicateur n°2c | Macrophytes en lagunes temporaires | Page C i2c

  Images Sous-Marines -A.Touzet & P.J. Micaelli Corse Images Sous-Marines -A.Touzet & P.J. Micaelli Coût indicateurs de l' état de conservation des lagunes méditerranéennes | Indicateur n°3 |Surface des herbiers | Page A indicateur

  Zostère -Corse Images Sous-Marines -A.Touzet & P.J. Micaelli surface concernée par les herbiers surface potentielle colonisée par les herbiers NON PRIORITAIRE Tous les 6 ans Indicateurs liés : Entre avril et août Pelouse de Cotula coronopifolia -O. Guizien L'objectif de cet indicateur est d' évaluer la distribution surfacique d'EVEE de chaque pièce d' eau considérée et du linéaire de berge correspondant. Cela permet une détection précoce du développement de certaines EVEE pouvant faciliter la mise en place d'une gestion préventive plutôt que restauratrice.

  Liste d' espèces végétales non indigènes présentes dans les lagunes et à proximité. * Liste_EVEE_PACA_CBNA_CBNMed_2020 : invmed.fr **Liste_EVEE_CBN de Corse_2019 NB : Les anciens statuts en Languedoc-Roussillon étaient basés sur une distinction entre les espèces de la liste noire (celles dont le risque est fort) et les espèces de la liste grise (présentant un risque fort dans un pays proche). Ces statuts ont été retranscrits en utilisant les statuts PACA, reposant sur les mêmes critères. Un travail d'élaboration d'une liste complète est en cours de finalisation. La distinction entre liste noire et grise mentionnée dans le guide méthodologique n' est plus mentionnée dans ces fiches techniques. Outils de veille réglementaire et sources de données sur les EEE : • le site d'InvMed (Espèces Végétales Exotiques Envahissantes Alpes-Méditerranée) est l' outil de diffusion des informations collectées par le Conservatoire Botanique National Méditerranéen de Porquerolles CBN Med. Pour chaque espèce, le statut (Prévention, Émergente, Modérée, Majeure, Alerte…) est donné pour les régions PACA et Languedoc-Roussillon. Site : http://www.invmed.fr/ • Cet outil fournit la liste à jour des EVEE et EVEpotE (potentiellement envahissants) (Terrin et al., 2014). • Une nouvelle réglementation, traduction en droit français de la réglementation européenne, est entrée en vigueur en France en 2018 pour limiter les effets négatifs de ces espèces. Elle définit une première liste de 49 espèces dont 23 espèces végétales. Cette liste est évolutive au gré des menaces identifiées pour l'Europe et notamment la France. Pour vous tenir informé de l'ajout de nouvelles espèces, consultez régulièrement la page dédiée du site du ministère de la Transition écologique et solidaire : https://www.

  Fond vaso-sableux de l'étang de Thau -M. FoulquiéInvertébrés benthiquesAVERTISSEMENT Avertissement : un suivi annuel est réalisé sur toutes les lagunes poly-et eu-halines (salinité ≥ 18 ppt) dans le cadre de la DCE. Un contrôle opérationnel est réalisé tous les 3 ans sur ces mêmes lagunes (cf. tableau en annexe). Les classes de valeur attribuées pour l'indice invertébrés benthiques seront reprises dans la note de l'indicateur "Invertébrés benthiques".

  indicateurs de l' état de conservation des lagunes méditerranéennes | Indicateur n°5 | Invertébrés benthiques | Page A indicateur Alternativement, pour les lagunes peu profondes, un carottier à main en PVC de 20cm de diamètre (40 cm de hauteur) pourra être utilisé (couramment utilisé pour les lagunes suivies dans le cadre de la DCE).

  Les échantillons faunistiques sont dénombrés et déterminés sous la loupe binoculaire jusqu'au niveau spécifique en suivant la nomenclature de l'European Register of Marine Species' nomenclature (ERMS ; Andral & Sargian, 2010). Pour faciliter le tri sous loupe binoculaire, quelques gouttes de rose de Bengale peuvent être employées. Pour chaque espèce sont calculées l'abondance et la biomasse. Pour chaque échantillon, sont déterminées : • la richesse spécifique : le nombre d' espèces différentes présentes dans l' échantillon ; • la densité : le nombre d'individus sur une surface donnée ; • la biomasse : évaluer la biomasse par taxon trouvé . Si l' échantillon comporte plus de 20 individus, évaluer la masse sèche d'un sous-échantillon de 20 individus.

  %GI, %GII, %GIII, %GIV et %GV, les abondances relatives des différents groupes trophiques par rapport à l'abondance totale.Le groupe I comprend les espèces les plus sensibles à l'hypertrophisation jusqu'au groupe V qui englobe les espèces opportunistes des sédiments réduits. Cet indice est lui aussi sensible à l' effort d' échantillonnage, un trop petit nombre de données donneront la même valeur moyenne mais avec un fort écart-type. Il présente l'avantage d' être applicable à tous les milieux puisque basé sur une liste unique d' espèces.La liste des espèces et de leur catégorie de pollu-sensibilité peut être trouvée dans[START_REF] Borja | A marine biotic index to establish the ecological quality of soft-bottom benthos within european estuarine and coastal environments[END_REF].

  Temps et coûts : ils sont faibles grâce à la combinaison des relevés à ceux nécessaires pour les indicateurs i02 "Macrophytes" et i08 "Nature des berges". • Les stratégies existantes sur les 3 régions : -en PACA, aucune stratégie n' existe pour la gestion des espèces animales exotiques envahissantes (EAEE). La liste de ces espèces de la stratégie faune PACA ne concerne que les espèces pour lesquelles l'OFB, rédacteur de cette liste, est compétent, c' est-à-dire les oiseaux et les mammifères. Elle donne une base des EAEE présentes en PACA et un état des lieux de leurs impacts connus ; -en Occitanie, en 2014, la DREAL a lancé une stratégie régionale relative aux espèces exotiques envahissantes (EEE) ; -en Corse, l'OEC rédige actuellement une stratégie régionale relative aux EEE (EVEE et EAEE). PROTOCOLE La méthode est basée sur un suivi par pièce d' eau (PE) dans son intégralité. Les relevés doivent se faire entre avril et août, période à laquelle la plupart des EAEE sont à leur maximum de développement. On distinguera les espèces nécessitant une surveillance mais n' étant pas prises en compte dans cette méthodologie d' évaluation, Callinectes sapidus (Crabe bleu), Myocastor coypus (Ragondin), Mnemiopsis leidyi (Cténaire) et Procambarus clarkii (Écrevisse de Louisiane) des espèces pour lesquelles l'indicateur s'applique Ficopomatus enigmaticus (Cascail).1 CASCAIL À ce jour, l'espèce Ficopomatus enigmaticus constitue la préoccupation majeure. Les surfaces et les densités des massifs par pièce d' eau, l'importance de la localisation et leur impact sur le fonctionnement de l' écosystème participent au choix d'une des trois situations décrites dans le tableau ci-dessous qui permet d'attribuer la note de l'indicateur. Il convient de justifier et de conserver les explications relatives à la décision.Cela peut passer par une phase d'interprétation d'images aériennes. En effet, les formations construites par le ver Cascail sont, à partir d'une certaine taille, facilement visibles sur des images satellite (résolution minimale requise 10 cm). Ces observations peuvent être complétées par des vérifications de terrain pour plus de précision, que ce soit à pied, en kayak ou lors d'une prospection sous-marine (e.g. lors des relevés de macrophytes). L'importance de la localisation des massifs et leur impact sur le fonctionnement de l'écosystème participent au choix de la notation associée.

  indicateurs de l' état de conservation des lagunes méditerranéennes | Indicateur n°6 | Espèces animales exotiques envahissantes | Page A indicateur Fiches techniques des indicateurs de l' état de conservation des lagunes méditerranéennes | Indicateur n°8 | Nature des berges| Page A indicateur NOTE DE L'INDICATEUR Classification selon la grille de diagnostic DCE de l' état physico-chimique des masses d' eau lagunaires. concentration en phosphates ; NID : concentration en azote inorganique dissous ; NT : concentration en azote total ; PT : concentration en phosphore total Pour chaque paramètre, une agrégation spatiale et temporelle des données est réalisée, puis une agrégation des 4 paramètres est effectuée pour obtenir l' état physico-chimique de la masse d' eau : • Agrégation des paramètres : l' état physico-chimique de la masse d' eau est obtenu en sélectionnant la note la plus déclassante des 4 paramètres de la grille. • Agrégation spatiale : dans le cas des masses d' eau suivies sur plusieurs stations, les données de chaque paramètre sont agrégées en prenant chaque mois la moyenne des valeurs acquises sur les différentes stations de la masse d' eau. • Agrégation temporelle : afin de prendre en compte la variabilité interannuelle des paramètres physico-chimiques, une agrégation temporelle des données est effectuée. La donnée prise en compte pour chacun des paramètres correspond à la valeur du percentile 90 (1) (P90 : formule en Annexe 2 de Dérolez et al., 2015) calculé à partir des valeurs moyennes de chaque mois, sur une période de 6 étés consécutifs (durée des plans de gestion DCE). L' état de chaque paramètre mesuré pour la physico-chimie de l' eau est défini par la valeur, strictement supérieure à la limite inférieure du seuil et inférieure ou égale à la limite supérieure du seuil. Modalité (classe de l'indicateur DCE) Note Très bon état de la colonne d'eau 0 Bon état de la colonne d'eau -5 État moyen de la colonne d'eau -15 État médiocre de la colonne d'eau -20 Mauvais état de la colonne d'eau -30 (1) Au contraire de la valeur maximale, le percentile 90 (P90) permet d' ôter du jeu de données les valeurs extrêmes qui pourraient être dues à des dégradations très ponctuelles. Fiches techniques des indicateurs de l' état de conservation des lagunes méditerranéennes | Indicateur n°11 | Contaminants chimiques | Page

  d' eau lagunaires suivies dans le cadre de la DCE et du projet OBSLAG, des classes sont attribuées pour qualifier l' état physico-chimique du sédiment. Celles-ci pourront être reprises directement pour l' évaluation de l' état de conservation de l'habitat 1150*-2 lorsqu'il s'agira de noter l'indicateur "Sédiments" sur les lagunes correspondant aux masses d' eau.L'objectif de cet indicateur est de caractériser l'intégrité du substrat d'une lagune au travers des mesures de la matière organique, de l'azote et du phosphore contenus dans le sédiment. Le protocole retenu pour les lagunes permanentes est celui mis en place dans le cadre des suivis de la DCE, notamment pour les sites non suivis au titre de cette directive.Le sédiment est un élément important du fonctionnement des lagunes et reflète la qualité chimique de la lagune. De par son caractère accumulateur, il conserve de nombreux éléments chimiques, qu'il s'agisse de polluants ou d' éléments azotés et phosphorés, responsables de l' eutrophisation des lagunes. Ses processus particuliers (accumulation et relargage) rendent ce compartiment complexe à intégrer dans une étude portant sur l' état de conservation, mais cela est cependant riche en informations.INDICATIONS PRATIQUESTemps et coûts : les analyses en laboratoire sont en moyenne de 70 € par échantillon (gamme de 37,5 à 117,5 € selon 8 devis fournis en 2014). Les frais peuvent être réduits en regroupant les mesures des indicateurs I10 "Colonne d' eau" et I11 "Contaminants chimiques", et selon le nombre d' échantillons à analyser au total. La sélection des points de prélèvement et l' échantillonnage est inférieure à 2h par lagune.PROTOCOLE À NOTER :Le positionnement des points de prélèvement sous SIG, ainsi que le contrôle de leur pertinence par un expert est à prévoir. L' opération est répétée tous les 6 ans dans le cadre du diagnostic complet des 17 masses d' eau suivies par la DCE et dans le cadre des campagnes ROCCH 1 "sédiment" conduites par l'Ifremer.Percentile 90 (P90) : valeur statistique telle qu'elle permet le classement d'une valeur, ou d'un site, par rapport à une grille définie à l'avance. Le Percentile 90 est la valeur telle que 90 % des valeurs observées lui sont inférieures.Phanérogames : plantes qui possèdent des racines, tiges et feuilles et dotées d'une reproduction sexuée par l'intermédiaire de leurs fleurs et graines.

  (Stir-bar sorptive extraction) : méthode d' échantillonnage intégrative utilisant un barreau magnétique recouvert d'un polymère pour extraire les molécules dissoutes de polluants organiques hydrophobes contenus dans l' eau, et détecter et quantifier ainsi (hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAP), Polychlorobiphényles (PCB) et pesticides organochlorés (OCP)).

mis en évidence Coût Priorité Lagune permanente Lagune temporaire Évaluer site ou pièce d'eau (PE)

	Site
	PE
	PE
	PE
	PE
	PE
	PE
	PE
	PE
	PE
	PE
	PE
	PE
	PE

X X

Indicateur Fonctionnement

Fonctionnement général et perspectives, réservoir de biodiversité, connectivité

évaluer dans les sites du réseau Natura 2000 présents sur son territoire, l'état de conservation des habitats naturels et semi-naturels et des espèces d'intérêt commu- nautaire

). Ainsi, d'une manière plus rigoureuse, les lagunes méditerranéennes sont définies comme un complexe d'habitats élémentaires. Ces outils (manuel d'interprétation des habitats, cahiers d'habitats et référentiel national) permettent de décrire et de définir les habitats présents au sein d'une zone.

La DHFF impose à chaque état membre d'pour lesquels les sites ont été désignés. Au-delà de la définition de ces habitats d'intérêt communautaire comme vu au paragraphe précédent, il s' est avéré nécessaire de proposer pour les lagunes méditerranéennes de nouveaux "sous-types" d'habitats différents de ceux décrits plus précisément pour la définition de l'habitat lagunaire. Ces nouveaux sous-types, ou "boites", d'habitats sont alors considérées comme des cibles opérationnelles pour le gestionnaire pour la mise en oeuvre de la méthode d' évaluation de l' état de conservation (e.g. mise en place du protocole d' échantillonnage, choix des critères et des indicateurs à relever).

  Il est nécessaire de distinguer les lagunes des autres habitats pouvant présenter des similitudes, notamment au niveau des biocénoses. Les lagunes ne doivent pas être confondues avec :

Étang de Thau-M. Foulquié ATTENTION Les types d'habitats exclus (Papuga & Klesczewski, 2012).

III. ÉTAT DE CONSERVATION DE L'HABITAT 1150 Évaluation et rapportage européen La

  . Dans les étangs poly-euhalins, Zostera noltei est observée, accompagnée bien souvent d'algues rouges et d'algues vertes (en faible quantité dans les lagunes ayant un bon état trophique). Dans les zones les plus proches de la mer ou dans les lagunes ayant une faible variation saisonnière de la salinité, les herbiers de Zostera marina et Cymodocea nodosa sont signalés. Ils font la transition avec le milieu lagunaire et les herbiers marins (Posidonia oceanica). La distribution des macrophytes a été étudiée dans différentes lagunes et des groupes méthode d' évaluation et le format de rapportage ont été convenus par le comité "Habitats" en mars 2005 (European Commission,

	Salinité (PSU)	0,5	5	18	30	38
	Type	Liminique	Oligohalin	Mésohalin	Polyhalin	Euhalin	Hyperhalin
						Anse des galères -PNRNM

d' espèces ont été définis permettant de classer l' état trophique du milieu (Sánchez & Grillas, 2014 ; Le Fur et al., 2017). Par exemple, la présence importante d'Ulva spp. (macroalgue opportuniste) est un marqueur d' eutrophisation. 1 La salinité est la quantité de sel dissout par kilo d'eau de mer. Elle s'exprime en grammes de sel par kilogramme d' eau [g/kg] ou en ppt (Part Per Thousand ou ‰) ou en PSU (Practical Salinity Unit).

  .

OU tous inconnus • Taille • Tendance • Surface de référence favorable • Etat de conservation des espèces typiques • Pressions • Menaces Aire de répartition FV U1 U2 XX Surface occupée Structures et fonctionnement Perspectives futures

	• Surface • Tendance • Aire de référence favorable	FAVORABLE Tous verts OU trois verts et un inconnu
		DÉFAVORABLE / INADÉQUAT
		Un ou + oranges
		mais pas de rouge
		DÉFAVORABLE / MAUVAIS
		Un ou plusieurs rouges
		INCONNU
		Au moins deux inconnus
		avec des verts

X Indicateur Fonctionnement mis en évidence Coût Priorité Lagune permanente Lagune temporaire Évaluer site ou pièce d'eau (PE)

	Site
	PE
	PE
	PE
	PE
	PE
	PE
	PE
	PE
	PE
	PE
	PE
	PE
	PE

Fonctionnement général et perspectives, réservoir de biodiversité, connectivité

pertes de surface dues à cet îlot seront intégrées dans les pertes surfaciques d'origine anthropique. Schéma d'approche en réseau de polygones (ou plan d'eau) à l'échelle du site Natura 2000

		État
	Surface stable ou en progression	Bon
	Perte de surface d' origine naturelle	Bon, à surveiller
	Perte de surface d' origine anthropique	À surveiller
		Site Natura 2000
	Enveloppe convexe aux plans d'eau
	en réseau
	Plan d'eau

PRÉCISIONS

Des îlots à laro-limicoles peuvent être aménagés ou se former naturellement au sein d'une lagune amenant donc à une perte de surface de l'habitat initial. Cependant, plusieurs cas sont à distinguer : • l'îlot est de faible surface comparé à la pièce d'eau, il est d'origine naturelle ou a été placé en prenant en compte son hydromorphologie. Sa structure est composée de matériaux sédimentaires issus de la pièce d' eau. Dans ce cas, l'îlot peut être considéré comme une composante bénéfique qui sera de plus liée au fonctionnement de référence de l'habitat lors d'intrusions marines ou de crues. Ces pertes ne seront alors pas considérées dans l'évaluation de cet indicateur ; • l'îlot provient d'un aménagement anthropique, sa surface est importante comparée à la pièce d'eau et ne prend pas en compte son fonctionnement hydromorphologique (e.g. positionnement face au courant, dans la zone la plus profonde). Il est composé de matériaux exogènes et a une hauteur non submersible naturellement, imposant donc une gestion hydraulique interventionniste au profit d' espèces et non de l'habitat lagunaire. L'îlot rend alors la pièce d' eau plus vulnérable au comblement sur le long terme et aura un impact globalement négatif pour l'habitat. Dans ce cas, les PRIORITAIRE Fin mai à fin juin Indicateurs liés : Macrophytes, étang de Thau -M. Foulquié Macrophytes en lagunes permanentes marinisées AVERTISSEMENT Une étude caractérisant les macrophytes des lagunes permanentes suivies dans le cadre de la DCE a été réalisée en 2015 (Giraud & Stroffek., 2016b). Les descripteurs retenus à minima dans cette étude sont suivis une fois par plan de gestion. L' évaluateur pourra s'appuyer sur les données acquises dans le cadre de ce suivi pour décrire le compartiment "macrophytes". Source : Réseau de Suivi Lagunaire, Lauret et al., 2011. Guide de reconnaissance et de suivi des macrophytes des lagunes du Languedoc-Roussillon. La méthode relative à cet indicateur a été développée par l'Ifremer, elle est directement issue des démarches mises en place par la Directive Cadre sur l'Eau (Campagne de surveillance DCE 2015 en Méditerranée française) et intègre les changements de l'arrêté*.

Les phénomènes d' eutrophisation sont souvent accompagnés d'un déclin des phanérogames, au profit d'une prolifération de macroalgues opportunistes et/ou de phytoplancton**. L' eutrophisation résulte de l'apport excessif dans la pièce d' eau d' éléments nutritifs azotés ou phosphatés (Le Fur,

  'EQRMAC (également appelé indicateur EXCLAME) résulte de la combinaison des EQR composition et abondance. Il est basé sur le principe suivant : c' est la présence des espèces de référence, donc la composition, qui va définir en premier lieu la qualité de la masse d' eau et qui sera d'autant plus fortement déclassée que l'abondance ne sera pas satisfaisante (à partir de EQRA < 0,6, soit à partir de la classe de qualité "moyenne"). Le principe de déclassement de l'indice de composition par l'indice d'abondance fonctionne selon le tableau ci-dessous.La valeur obtenue de l'EQRMAC est arrondie à la seconde décimale.

	EQRC	EQRA	EQRMAC
	Non défini		EQRA / 2
	Défini	EQRA ≥ 0,6	EQRC
		(0.6 -EQRA) 2 > EQRC 0,05
		Sinon	EQRC -(0,6 -EQRA) 2

Graphique représentant la catégorie obtenue à partir des EQRC et EQRA 5 CALCUL DE L'EQR MACROPHYTES LLa formule de l'EQRMAC sous tableau Excel est la suivante : =ARRONDI(SI(EQRC="nd";EQRA/2; SI(OU(EQRA>0,6;EQRA=0,6);EQRC;SI(OU((0,6-EQRA)^2>EQRC;(0,6-EQRA)^2=EQRC);0,05;E-QRC-(0,6-EQRA)^2)));2)

Annexe 1 FICHE D'ÉVALUATION N° DE STATION DATE ET HEURE OBSERVATEUR VISIBILITÉ PROF. MOYENNE RECOUVREMENT DE LA STATION (RT)

					indicateur
			Homogène	Hétérogène
	0 < 10% 25% 33% 50% 66% 75% 100%	Observations
	RECOUVREMENT RELATIF DES ESPÈCES DE RÉFÉRENCE (RR)	RR =
	Espèces de	%	Acetabularia acetabulum	Laurencia microcladia
	la liste ci-contre	du RT	Antithamnion cruciatum	Laurencia obtusa
			Bryopsis hypnoides	Lomentaria clavellosa
	E1		Bryopsis plumosa	Nitophyllum punctatum
	E2		Carradoriella elongata Centroceras clavulatum	Osmundea pinnatifida Polysiphonia mottei
	E3		Ceramium ciliatum Ceramium diaphanum	Polysiphonia opaca Polysiphonia sertularioides
	E4		Ceramium tenerrimum Chondracanthus acicularis	Pterosiphonia parasitica Pterothamnion plumula
	E5		Chondria dasyphylla	Ruppia cirrhosa
			Chylocladia verticillata	Ruppia maritima
	E6		Cladostephus spongiosus	Spyridia filamentosa
	E7		Cymodocea nodosa Cystoseira compressa	Treptacantha barbata Valonia aegagropila
	E8		Dictyota dichotoma Gelidium crinale	Valonia utricularis Xiphosiphonia pennata
	E9		Gymnogongrus griffithsiae Hypnea valentiae	Zostera marina Zostera noltei
	E10		Lamprothamnium papulosum
		Surface sans macrophyte
	E2	Autre macrophyte qui n'est pas dans la liste de référence
		Recouvrement total (RT) = 66 %
		(occupé par toutes les espèces E1 + E2 + les autres macrophytes)

Recouvrement relatif d'espèces de référence RR (%) : E1 = 25 % E2 = 50 % Richesse spécifique (RS) = 2

E2 E1 PRÉSENTATION DE L'OUTIL EXCEL POUR LE CALCUL DE L'EQRMAC les

  espèces de référence sont ici exprimées en pourcentage du RT

	Date
	Nom de la PE (pièce d'eau)
	Numéro de relevé
	Salinité
	Acetabularia acetabulum
	Antithamnion cruciatum
	Bryopsis hypnoides
	Bryopsis plumosa
	Carradoriella elongata
	Centroceras clavulatum
	Ceramium ciliatum
	Ceramium diaphanum
	Ceramium tenerrimum
	Chondracanthus acicularis
	Chondria dasyphylla
	Chylocladia verticillata
	Cladostephus spongiosus
	Cymodocea nodosa
	Cystoseira compressa
	Dictyota dichotoma
	Gelidium crinale
	Gymnogongrus griffithsiae
	Hypnea valentiae
	Lamprothamnium papulosum
	Laurencia microcladia
	Laurencia obtusa
	Lomentaria clavellosa
	Nitophyllum punctatum
	Osmundea pinnatifida
	Polysiphonia mottei
	Polysiphonia opaca
	Polysiphonia sertularioides
	Pterosiphonia parasitica
	Pterothamnion plumula
	Ruppia cirrhosa
	Ruppia maritima
	Spyridia filamentosa
	Treptacantha barbata
	Valonia aegagropila
	Valonia utricularis
	Xiphosiphonia pennata
	Zostera marina
	Zostera noltei
	Recouvrement spécifique (RS)
	Recouvrement total (RT)
	Recouvrement relatif (RR)
	EQR(C)
	EQR(A)
	EQR(MAC)

•

  Charophytes , • Rhodophytes, • Chlorophytes

	Tous les 6 ans
				Code		% de recouvrement sur le râteau
				1			Quelques fragments		(surface < 5%)
				2			Fragments fréquents		(5% < surface < 25%)
				3			Fragments sur l' ensemble (25% < surface < 50%)
				4			Taxon abondant				(50% < surface < 75%)
				5			Taxon sur tout l'appareil (surface > 75%)
				x			Présence à proximité du point de prélèvement
								Indiquer la classe de recouvrement (1 à 5) dans chaque colonne de sous-station
	Groupe	Espèces	1	2	3	4	5	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21	22	23	24	25	26	27	28	29	30
	Zostera noltei
	Chara galioides
	Chara tormentosa
	Chara hispida
	Chara globularis
	Lamprothamnium
	Ruppia cirrhosa
	Stuckenia pectinata
	Potamogeton crispus
	Myriophyllum spicatum
	Najas marina
	Ceramium sp.
	Gracilaria sp.
	Ceratophyllum demersum
	Chaetomorpha sp.
	Monostrioma sp.
	Ulva sp.
	Cladophora sp.

•

  Trachéophytes, • Charophytes , • Chlorophytes • Bryophytes Périodicité Suivi à effectuer à la même période de l'année. Idéalement 3 passages durant le printemps (entre avril -mai et juin)

				Échantillonnage systématique
				Pour chaque placette,
				1. Évaluer le recouvrement total
				2. Dresser la liste des espèces hydrophytes enracinées
				et des macroalgues avec leur recouvrement respectif.
	Sinon, veille régulière du gestionnaire lors des passages sur site	Si trop de pièces d'eau, prévoir un échantillonnage
	et à une période de développement maximal des cortèges		aléatoire (e.g. cas des salins) tenant compte de la variabilité
				du milieu.
				Stratégie d' échantillonnage choisie par l' évaluateur.
	Fourchette de surface (ha)	Nombre de placettes
	<0,12	2
	0,12<x<0,34	3
	0,34<x<0,57	4
	0,57<x<0,82	5
	0,82<x<1,1	6
	1,1<x<1,42	7
	1,42<x<1,78	8
	1,78<x<2,22	9
	2,22<x<2,8	10
	2,8<x<3,75	11
	>3,75	12
		LAGUNE TEMPORAIRE
	Peu salée (< 18 ppt)	Salée (>18 ppt)
		Ruppia maritima	Ruppia maritima
		Ruppia cirrhosa		Ruppia cirrhosa
		Althenia filiformis gr.	Althenia filiformis gr.
	Ranunculus peltatus / baudotii	Tolypella hispanica / salina
		Tolypella glomerata	Lamprothamnium papulosum
		Chara aspera		Chara baltica
		Chara baltica		Chara galioides
		Chara galioides	Chara canescens
		Chara canescens	Riella helicophylla
		Riella notarisii	Algues rhodophytes (Polysiphonia)
	Algues rhodophytes (Polysiphonia)
	Stuckenia pectina (A, S)	Stuckenia pectina (A, S)
		Zannichellia spp. (A, S)	Zannichellia spp. (A, S)
	Myriophyllum spp. (A, E, S)	Ranunculus spp. (A)
	Ceratophyllum spp. (A, E, S)	Monostroma spp. (E)
	Espèces	Monostroma spp. (E)		Ulva spp. (E)
	indicatrices		Enteromorpha spp. (E)
	d'		Chaetomorpha spp. (E)
			Cladophora spp. (E)

Ulva spp. (E) Enteromorpha spp. (E) Chaetomorpha spp. (E) Cladophora spp. (E) Chara vulgaris (A) Chara globularis (A)

une dégradation Espèces de référence

  Ranunculus peltatus -R. Paradis Deux guides d'identification sont particulièrement conseillés dans le cadre de ce suivi : • guide de reconnaissance et de suivi des macrophytes des lagunes du Languedoc-Roussillon, 2011. Ifremer, Cépralmar, Agence de l'Eau Rhône Méditerranée et Corse, Région LR; • guide des Characées de France méditerranéenne, 2016. ONCFS.

surface de la pièce d'eau colonisée par des végétaux exotiques envahissants

  • Le protocole offre une flexibilité au gestionnaire qui peut rajouter des espèces ayant des impacts sur la structure ou le fonctionnement du site selon son expérience et la connaissance de son site. Cette approche a l'avantage d'inclure tous les types biologiques, notamment les hydrophytes flottantes ou les algues invasives, qui ne sont pas relevées par ailleurs. NB : pour ces dernières espèces, l'aide d'un spécialiste est souhaitée.PROTOCOLECet indicateur est basé sur un suivi du recouvrement des espèces exotiques envahissantes dans l'intégralité de la pièce d' eau. Afin de cibler au mieux le développement de ces espèces, deux métriques sont à mesurer : • la . L' échantillonnage et le protocole suivront ceux décrits pour l'indicateur "Macrophytes" (lagunes permanentes, Fiche indicateur I02a) ; • et le linéaire de berges colonisées. Le protocole de l'indicateur "Nature des berges" (Fiche indicateur I08) pourra être suivi et impliquera une prospection à pied sur le terrain le long des berges des lagunes, accompagnée d'un pointage GPS et d'un traitement des données par SIG pour une meilleure valorisation des résultats.Pour les grandes surfaces, un échantillonnage stratifié et représentatif de l'intégralité de la lagune pourra être mis en place par le gestionnaire. Une liste d' espèces non indigènes présentes dans les lagunes et/ou autour, a été produite (Tableau ci-dessous). Dans cette liste sont distinguées les lagunes salées (>18 ppt) et les lagunes peu salées (<18 ppt). La liste regroupe les espèces classées selon la liste du Conservatoire Botanique National (CBN) Méditerranéen (2014) et du programme régional du CBN de Corse (2019). Entre parenthèses se trouve à titre indicatif, lorsqu' elle est connue, la salinité maximale que tolère l'EVEE.

	Espèces végétales
	exotiques envahissantes (EVEE)

Coût faible Temps variable Toutes les lagunes 41 Fiches

		Nom	Nom	Statut	Statut *	Statut **
		du taxon	vernaculaire	Occitanie	PACA (Med)	Corse
		Baccharis halimifolia	Séneçon en arbre	Émergente	Majeure	Alerte
		Amorpha fruticosa	Indigo du Bush, Amorphe buissonnante	Émergente	Majeure	Prévention
		Paspalum distichum	Paspale à deux épis	Majeure	Majeure	Majeure
	Lagunes peu salées < 18 ppt	Symphyotrichum novi-belgii Alternanthera philoxeroides (18 ppt) Lemna minuta (12 ppt) Hydrocotyle ranunculoides (7 ppt) Ludwigia grandiflora (6 ppt) Ludwigia peploides (6 ppt) Myriophyllum aquaticum (8 ppt) Azolla filiculoides (10 ppt)	Aster à feuilles de Saule Herbe à alligator Lentille d' eau minuscule Hydrocotyle fausse renoncule Jussie à grandes fleurs Jussie rampante Myriophylle aquatique Fougère d'eau	Émergente Absente Émergente Émergente Majeure Émergente Émergente	Majeure Émergente Émergente Prévention Émergente Majeure Émergente Modérée	Prévention Prévention Alerte Prévention Prévention Émergente Alerte Émergente
		Heteranthera limosa	Hétéranthère des marais	Alerte	Émergente	Prévention
		Heteranthera reniformis	Hétéranthère réniforme	Alerte	Émergente	Prévention
		Ammannia coccinea (5 ppt)	Ammannia écarlate	Alerte	Alerte

techniques des indicateurs de l' état de conservation des lagunes méditerranéennes | Indicateur n°4 | Espèces végétales exotiques envahissantes | Page A indicateur

  • Un outil développé par AZTI Tecnalia (un centre d'expertise technologique) propose un outil de calcul du M-AMBI, facilitant grandement l'application de ce protocole. Il propose de plus une liste actualisée (2017) des espèces et de leur pollu-sensibilité. Le logiciel est téléchargeable sur le lien suivant : http://ambi.azti.es/ambi/. • Précisions sur les données existantes : données historiques (1998-2015) intégrées par Ifremer. Données bancarisées dans Quadrige depuis 1998. • En cas de réalisation des prélèvements sur les lagunes temporaires, il est recommandé d' effectuer les prélèvements avant que le niveau d' eau dans la lagune soit trop bas.

sera le plus important pour des peuplements à richesse spécifique élevée avec une répartition équitable des espèces. Les

  valeurs les plus basses apparaissent pour les peuplements dominés par une seule espèce ou par un petit nombre d' espèces. Comparativement à la répartition des abondances, la richesse spécifique n'a qu'une influence secondaire sur le résultat.

Cet indice est maximal (H'max) lorsque les espèces ont des abondances identiques et il tend vers 0 lorsqu'une espèce domine le peuplement. Cet indice est relativement sensible aux espèces de moyenne dominance mais insensible à la richesse spécifique donc très utile pour comparer les dominances potentielles entre échantillons. Ce résultat qui est souvent peu parlant, doit être rapporté à l'indice maximal théorique du peuplement (H'max) ou accompagné de l'indice d' équitabilité de Piélou (J'=H'/H'max).

L'indice d' équitabilité permet de mesurer la répartition des individus au sein des espèces, indépendamment de la richesse spécifique. Sa valeur varie de 0 (dominance d'une des espèces) à 1 (équirépartition des individus dans les espèces soit pi = 1).

H' L'

indice AMBI permet une approche fonctionnelle sur la polluo-sensibilité des espèces.

  Effectuer une veille régulière sur le site permet une détection précoce des espèces ayant des impacts sur la structure et/ou le fonctionnement de l'habitat lagunaire pouvant faciliter la mise en place d'une gestion préventive plutôt que restauratrice.La principale espèce à surveiller est Ficopomatus enigmaticus, communément appelé Cascail. Le Cascail est un annélide polychète tubicole et benthique sûrement introduit en Méditerranée via les coques de bateaux en provenance d'Australie. Cette espèce qualifiée de bio-constructrice modifie son écosystème en formant des récifs de tubes calcaires, ces formations pouvant alors entraver le fonctionnement hydrologique des lagunes. On pourra retrouver le ver Cascail dans les lagunes dont la salinité est comprise entre 1,5 et 50 ppt[START_REF] Dixon | Reproductive biology of the Serpulid Ficopomatus (Mercierella) enigmaticus in the Thames Estuary, SE England[END_REF]. Les surfaces et les densités de Cascail sont recensées, afin d' évaluer spatialement le niveau de développement.

Trous de ragondins sur une digue -N. Vazzoler L'objectif de cet indicateur est d' évaluer une dégradation de l'habitat liée à la présence d' espèces animales exotiques envahissantes.

45 SUBSTANCES TESTÉES ET LEURS NORMES DE QUALITÉ ENVIRONNEMENTALES CORRESPONDANTES (DIRECTIVE 2008/105/CE) DU PARLEMENT EUROPÉEN

  , MIS À JOUR PAR L'ARRÊTÉ DU 27 JUILLET 2018

			NQE-MA (2)	NQE-CMA (4)	NQE Biote (12)
	N o	Nom de la substance prioritaire	[µg/l] Eaux côtières et de transition	[µg/l] Eaux côtières et de transition	Biote (12)
	)	1,2-dichloroéthane	10	sans objet
	(11)	Dichlorométhane	20	sans objet
	(12)	Di (2-ethylhexyle)-phthalate (DEHP)	1,3	sans objet	3200
	(13)	Diuron	0,2	1,8
	(14)	Endosulfan	0,0005	0,004
	(15)	Fluoranthène	0,0063	0,12	30
	(16)	Hexachlorobenzène		0,05	10
	(17)	Hexachlorobutadiène		0,6	55
	(18)	Hexachlorocyclohexane	0,002	0,02
	(19)	Isoproturon	0,3	1,0
	(20)	Plomb et ses composés	1,3	14
	(21)	Mercure et ses composés		0,07	20
	(22)	Naphtalène	2	130
	(23)	Nickel et ses composés	8,6	34
	(24)	Nonylphénols (4-nonylphénol)	0,3	2,0
	(25)	Octylphénols (4-(1,1' , 3,3'-tétraméthylbutylphénol)	0,01	sans objet
	(26)	Pentachlorobenzène	0,0007	sans objet	367
	(27)	Pentachlorophénol	0,4	1
	(28)	Hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAP) (11)	sans objet	sans objet
		Benzo (a) pyrène	1,7 × 10-4	0,027	5
		Benzo (b) fluoranthène	voir note 11	0,017	voir note 11
		Benzo (k) fluoranthène	voir note 11	0,017	voir note 11
		Benzo (g, h, i) perylène	voir note 11	8,2 × 10-4	voir note 11
		Indeno (1,2,3-cd)pyrène	voir note 11	sans objet	voir note 11
	(29)	Simazine	1	4
	(29 bis) Tétrachloroéthylène (7)	10	sans objet
	(29 ter) Trichloroethylène (7)	10	sans objet
	(30)	Composés du tributylétain (tributylétain-cation)	0,0002	0,0015
	(31)	Trichlorobenzène	0,4	sans objet
	(32)	Trichlorométhane	2,5	sans objet
	(33)	Trifluraline	0,03	sans objet
	(34)	Dicofol	3,2 × 10-5	sans objet (10)	33
	(35)	Acide perfluorooctanesulfonique et ses dérivés	1,3 × 10-4	7,2	9,1
		(perfluorooctanesulfonate PFOS)
	(36)	Quinoxyfène	0,015	0,54
	(37)	Dioxines et composés de type dioxine (15)		sans objet	Somme de PCDD + PCDF
					+ PCB-TD 0,0065 μ g. kg-1
					TEQ (14)
	(38)	Aclonifène	0,012	0,012
	(39)	Bifénox	0,0012	0,004
	(40)	Cybutryne	0,0025	0,016
	(41)	Cyperméthrine	8 × 10-6	6 × 10-5
	(42)	Dichlorvos	6 × 10-5	7 × 10-5
	(43)	Hexabromocyclododécane (HBCDD) (16)	0,0008	0,05	167
	(44)	Heptachlore et époxyde d'heptachlore	1 × 10-8	3 × 10-5	6,7 × 10-3
	(45)	Terbutryne	0,0065	0,034

[µg/ kg pf] 62 Indicateur n°11 | Contaminants chimiques| Page D Annexe 1 LISTE DES MA : moyenne annuelle. CMA : concentration maximale admissible. Pour le détail des notes explicatives de 1 à 17 entre parenthèses, se référer à https://www.legifrance.gouv.fr/eli/arrete/2018/7/27/TREL1819388A/jo/texte indicateur PRIORITAIRE Tous les 6 ans Indicateurs liés :

Santa-Giulia -O. Bonnenfant

Crédits : M. Foulquié, N. Barré (CEN Occitanie), M. Diaraison (ADENA), O. Bonnenfant (OEC), M. Garrido (OEC), E. Volto/DREAL, S. Befeld, CISM.

ÉvaluatiOn de l'état de cOnservatiOn de l'habitat lagunes méditerranéennes

Deux lagunes : Thau (FRDT10) et Leucate (FRDT02) correspondent à ces définitions ; les meilleures valeurs de chacune des 3 métriques observées sont sélectionnées comme valeurs "de référence" .

mesures/an : juin, juillet et août Indicateurs liés :

La campagne ROCCHSED2017; quatrième campagne d' échantillonnage dans les lagunes méditerranéennes françaises, a permis la mesure de concentrations en éléments traces métalliques et en contaminants organiques (sur la base des listes des réglementations en vigueur). D'autre part, il a permis de fournir des éléments complémentaires de diagnostic de la qualité de 13 lagunes dans le cadre du SDAGE RMC en intégrant des mesures de matière organique, d'azote et de phosphore totaux dans les sédiments.Étang de Pierre-Blanche (étangs palavasiens) -N. BarréCarottage -Ifremer

Remerciements 3 campagnes/an NON PRIORITAIRE Indicateurs liés :

NOTE DE L'INDICATEUR

La note s' obtient à partir du rapport entre la surface totale colonisée et la surface totale de la pièce d' eau évaluée, ainsi que le rapport entre le linéaire de berges colonisées et le linéaire total de la pièce d' eau. Le pourcentage obtenu sera ensuite confronté aux seuils indiqués dans la grille ci-dessous pour obtenir une note :

Modalités

Note Moins de 1 % inclus du linéaire de berge ou de la surface est colonisé(e) par une espèce végétale exotique envahissante Entre 1 et 10 % inclus du linéaire de berge ou de la surface colonisé(e) par une espèce végétale exotique envahissante Plus de 10 % du linéaire de berge ou de la surface est colonisé(e) par une espèce végétale exotique envahissante

ANNEXE

Le jeu de données utilisé dans le cadre de l' exercice d'intercalibration comprend 24 stations en lagunes poly-euhalines (21 stations en lagunes poly-euhalines "restricted" : Bages-Sigean, Berre, Diane, Gruissan, La Palme, Salses-Leucate, Or, Palo, Pierre-Blanche, Ponant, Prévost, Thau, Urbino, Vaïne, Vic ; 3 stations en lagunes poly-euhalines "choked" : Canet, Biguglia et Méjean-Ouest). Aujourd'hui, un total de 20 stations sont suivies sur 13 masses d' eau :

2 AUTRES ESPÈCES

• L' écrevisse de Louisiane (Procambarus clarkii) peut elle aussi représenter une menace écologique en modifiant la structure de l' écosystème par la réduction des macrophytes, la prédation d'autres espèces, ou encore par la modification des facteurs physico-chimiques. Elle est surtout présente dans les lagunes peu salées (salinité < 10 ppt) et pourra être trouvée à la fois dans les lagunes temporaires et permanentes [START_REF] Meineri | Distribution and reproduction of Procambarus clarkii in relation to water management, salinity and habitat type in the Camargue[END_REF].

• Le ragondin (Myocastor coypus) est responsable de nombreuses dégradations des infrastructures hydrauliques (canaux, berges et digues) mais aussi du milieu naturel local (zones importantes d'un point de vue floristique et faunistique). Enfin, il représente un risque sanitaire non négligeable, car ils sont vecteurs de maladies. La gestion de la prolifération du ragondin passe par la mise en place de piégeages ou de tirs de régulation.

• Le crabe bleu (Callinectes sapidus) voyagerait dans les ballasts de bateaux à l'état de larves ou de juvéniles. Cette espèce apparaît près des grands ports et se développe plutôt dans les lagunes permanentes et dans les milieux influencés par des arrivées d'eau douce (grands estuaires). L'impact de cette espèce sur le milieu marin -dû à son mode de nutrition omnivore et à une reproduction particulièrement efficace -peut être important.

NOTE DE L'INDICATEUR

Pour cet indicateur la note s' obtient à partir de la présence/absence du Cascail uniquement, de son étendue et de son impact sur le fonctionnement de la lagune.

Modalités

Connectivité à la mer

AVERTISSEMENT

Une étude caractérisant l'hydromorphologie des lagunes permanentes suivies dans le cadre de la DCE a été réalisée en 2015 [START_REF] Stroffek S | Connaissance des lagunes bilan et stratégie dans le cadre de la mise en oeuvre du SDAGE 2016-2021[END_REF]. Les descripteurs retenus à minima dans cette étude sont suivis une fois par plan de gestion, soit tous les 6 ans. La métrique "Communication avec la mer" décrite dans ce cadre et appliquée en routine sur les lagunes permanentes, pourra être utilisée directement par l' évaluateur lors de la notation.

L'objectif de cet indicateur est de caractériser l' état de conservation de la liaison à la mer des lagunes à travers son degré d'artificialisation et son fonctionnement.

Le lien avec la mer constitue un élément fondamental du fonctionnement d'une lagune. La circulation hydrologique permet à la fois le renouvellement des eaux et constitue également des entrées pour le déplacement des poissons (notamment des migrateurs) et la propagation des invertébrés. Selon les lagunes, les caractéristiques de la communication avec la mer ainsi que de la connectivité entre la lagune et ses pièces d' eau adjacentes pourront varier (e.g. débits, section des graus, présence d' obstacles sur les graus).

• La fréquence de ces communications, qui détermine la qualité temporaire ou permanente de la lagune, seront également essentielles à prendre en compte avant l' évaluation. • La définition du fonctionnement de référence d'un grau va permettre de comparer le fonctionnement actuel avec une référence historique.

Sur le long terme la mesure de cet indicateur pourra permettre également d'avoir une vision sur la trajectoire écologique de la lagune [START_REF] Pasqualini | Spatiotemporal dynamic of submerged macrophyte status and watershed exploitation in a Mediterranean coastal lagoon: Understanding critical factors in ecosystem degradation and restoration[END_REF].

INDICATIONS PRATIQUES

• Temps et coûts : ils sont faibles. En effet, une fois l'acquisition de cartes récentes, l'analyse par SIG est rapide et ne nécessite pas de terrain. • Il faut définir au préalable si le grau est temporaire (se ferme et s' ouvre au rythme des crues et entrées maritimes) ou permanent. Il convient de faire appel à des documents historiques, couplés à une connaissance détaillée du contexte local actuel. • En plus de l' évaluation de cet indicateur, une veille concernant les aménagements doit être menée afin d'anticiper les potentiels changements de la connectivité à la mer.

PROTOCOLE

Il est nécessaire d' échantillonner de manière exhaustive les graus de toutes les pièces d' eau (PE) du site. L'indicateur i07 "Connectivité à la mer" n' étant pas amené à évoluer rapidement, sa mesure peut suivre la fréquence du suivi DCE (tous les 6 ans). D'autre part, étant donné la variabilité saisonnière de la connexion à la mer, ces mesures doivent être effectuées à la même période de l'année afin d' obtenir des résultats cohérents.

Pour chaque lagune, la liaison à la mer est expertisée sous deux angles :

• l'état de la structure : l'attention est portée sur la nature des berges, le degré d'artificialisation ;

• et le fonctionnement de la liaison.

Ce suivi se fait sur le terrain et/ou avec l'appui d' orthophotographies. Il consiste à relever toute construction humaine apparue depuis le dernier suivi, de vérifier la non-obstruction du grau et l'autonomie du fonctionnement de la liaison à la mer. Dans le cas des lagunes indirectement connectées à la mer (par le biais d'autres lagunes), l'intégralité des connexions jusqu'à la mer devront être prises en compte lors de l' évaluation.

Un grau historiquement permanent qui se comble, en raison d'une modification du bassin versant, ne doit pas être considéré comme un grau temporaire mais comme un grau permanent nécessitant une intervention humaine pour garder un flux d' eau. Le grau est obstrué par différents éléments (e.g. remblais, digue en rochers).

La connectivité à la mer se maintient de manière naturelle, sans intervention anthropique ou ne nécessite pas de dragage récurrent.

Les dynamiques sédimentaires sont contraintes et nécessitent une intervention anthropique :

la connectivité à la mer ne fonctionne plus de manière autonome.

La connectivité à la mer est insignifiante ou n'existe plus ;

il existe des barrières qui limitent les migrations (e.g. filets) ; le rythme des ouvertures/fermetures est contraint par des activités économiques ou touristiques qui ne tiennent pas compte du fonctionnement naturel de la lagune. La connectivité aux zones périphériques de la lagune nécessite des interventions fréquentes ou a été rompue.

TOTAL

Fonctionnement

État

PRIORITAIRE

Tous les 6 ans Indicateurs liés :

Étangs de Villepey -S. Lagrave

Nature des berges

AVERTISSEMENT Une étude caractérisant l'hydromorphologie des lagunes permanentes suivies dans le cadre de la DCE a été réalisée en 2015 [START_REF] Stroffek S | Connaissance des lagunes bilan et stratégie dans le cadre de la mise en oeuvre du SDAGE 2016-2021[END_REF]. Les descripteurs retenus à minima dans cette étude sont suivis une fois par plan de gestion, soit tous les 6 ans. Pour considérer le degré d'artificialisation des berges de l'habitat 1150-2, l' évaluateur pourra ainsi s'appuyer sur les données acquises en routine sur les lagunes permanentes pour le descripteur "Nature des berges" (observation terrain et SIG).

L'objectif de cet indicateur est d' évaluer le niveau d'atteinte porté à l'habitat lagune côtière par des aménagements. Pour cela il est important de qualifier l' ensemble du linéaire de berge afin de déterminer la part détériorée. On regardera pour cela le degré d'artificialisation et la pente des berges.

INDICATIONS PRATIQUES

Temps et coûts : les coûts sont relativement faibles pour la mesure de l'indicateur. Les cartes ne nécessitant pas de photographies à très hautes résolutions, ces dernières peuvent être acquises gratuitement. Le temps de relevé sur un site dépendra du temps d'analyse cartographique et des vérifications nécessaires sur le terrain, donc du caractère morcelé de celui-ci et de l'accessibilité aux berges.

À noter que ce paramètre n' est pas amené à évoluer rapidement, mais une veille portant sur le développement de projets d'aménagements devrait être menée en continu afin d'anticiper d' éventuels changements de la nature des berges et d' en faciliter le prochain suivi.

PROTOCOLE

Pour cet indicateur, le principe est de relever sur tout le linéaire de berges de la pièce d' eau (PE), le type de berge sur 5 m au-delà du niveau d' eau "maximum normal". Ne devront pas être pris en compte dans l' évaluation de cet indicateur : • l'artificialisation des graus, car elle est déjà incluse dans l'indicateur i07 "Connectivité à la mer" ; • et le linéaire des pontons dans le cas d'un port ou d'une marina.

Il est préalablement conseillé de réaliser une première analyse d' orthophotographies grâce à un logiciel de cartographie SIG afin de différencier et de cartographier les zones de berges fortement artificialisées et des zones à vérifier sur le terrain. Les zones à vérifier sur le linéaire de berges devront ensuite être prospectées à pied, en voiture ou en kayak, et les différents types de berges délimités grâce à l'utilisation d'un GPS.

CATÉGORIES DE BERGES ÉVALUÉES

• berges naturelles, ce sont des transitions non modifiées entre la lagune et l' écosystème adjacent (e.g. sansouire, roselière, falaise) ou "renaturées", ce sont des berges ayant subi une artificialisation par le passé mais ayant depuis retrouvé leur fonctionnalité d' écotone, c'est-àdire ayant retrouvé une pente et une végétation compatible avec cette fonction ;

• berges artificielles verticales ou enrochées, ce sont les atteintes les plus lourdes que peuvent subir les berges. Elles regroupent les digues en béton, les constructions verticales constituées de débris ou autres matériaux peu propices à la renaturation (e.g. pneus, palplanches), les enrochements, etc.

Berges renaturées de l'étang de la Marette -N. Barré

Berge du Gourg de Maldormir -CEN LR

NOTE DE L'INDICATEUR

Modalités Note Plus de 85% des berges sont naturelles ou renaturées (catégorie 1), et moins de 10% des berges sont figées par des rochers ou des constructions verticales (catégorie 3) Entre 70% et 85% des berges sont naturelles ou renaturées (catégorie 1), ou entre 10% et 20% des berges sont figées par des rochers ou des constructions verticales (catégorie 3) Moins de 70% de berges sont naturelles ou renaturées (catégorie 1), ou plus de 20% des berges sont figées par des rochers ou des constructions verticales (catégorie 3). L'intégrité hydrologique des lagunes constitue un élément fondamental conditionnant le bon fonctionnement de l' écosystème. Cela est particulièrement vrai pour les lagunes temporaires, dont la spécificité tient dans cet aspect temporaire. Ainsi, de nombreuses espèces dépendent des assecs de ces milieux, et ne peuvent se développer si cette spécificité disparaît.

RÉFÉRENCE : avant d' envisager l'application de cet indicateur, il est très important de cibler le "fonctionnement hydrologique normal" de la lagune : cet élément doit permettre de définir objectivement le mode de fonctionnement d'une lagune. Les références historiques (écrits, connaissances humaines historiques, expérience du gestionnaire, etc.) permettront de différencier un fonctionnement temporaire ou permanent des pièces d' eau considérées pour l' évaluation.

INDICATIONS PRATIQUES

• L'objectif de cet indicateur est de donner une évaluation de la qualité de l' eau des lagunes, qui conditionne en grande partie le développement des biocénoses présentes. Ainsi, les substances dissoutes et en suspension dans l' eau vont constituer des apports nutritifs pour différents organismes. Ceux-ci vont également influencer la turbidité de l' eau, élément essentiel pour la diffusion de la lumière et par conséquent le développement de la flore.

L'arrêté du 27 juillet 2015 relatif aux méthodes et critères d' évaluation de l' état écologique de la DCE, préconise le suivi de 4 paramètres physico-chimiques (contre 11 auparavant) : la concentration en phosphates (PO 4 3-), la concentration en azote inorganique dissous (NID), la concentration en azote total (NT) et la concentration en phosphore total (PT).

INDICATIONS PRATIQUES

Temps et coûts : les coûts sont relativement élevés en raison du coût des analyses en laboratoire. Il faut compter en moyenne 148 € par échantillon (gamme de 44 à 168,5 € selon 8 devis fournis en 2014). Le temps dédié à la sélection et à l' échantillonnage des points de prélèvement est relativement modeste (inférieur à 2h par PE). Cela dépend du nombre de pièces d' eau permanentes à évaluer pour cet indicateur.

Le temps des relevés terrain (peu chronophage) et les frais engendrés par les analyses en laboratoire peuvent être réduits en regroupant les mesures des indicateurs i12 "Sédiments" et i11 "Contaminants chimiques".

Le positionnement des points de prélèvement sous SIG, ainsi que leur contrôle par un expert est à prévoir.

PROTOCOLE

Dans le cas d'une pièce d' eau non suivie dans le cadre de la DCE, l' évaluation de cet indicateur devra être faite selon le même protocole que celui proposé par l'Ifremer pour une homogénéité des résultats [START_REF] Witkowski | Campagne de surveillance DCE 2015 en Méditerranée française[END_REF].

La mesure se fait à un point de chaque pièce d' eau, en sub-surface (entre 0 et 1 m) ou à mi-profondeur pour les lagunes de profondeur inférieure à 3 m.

SUR LE TERRAIN

• Chaque flacon est rincé trois fois avec l' eau du prélèvement.

• Le prélèvement d' eau est effectué par remplissage de flacons en polypropylène de contenance 1 litre ou à l'aide d'une bouteille de prélèvement de type Hydrobios (remplissage de plusieurs flacons de contenance 100 ml). • Les pré-filtrations à travers un filtre Nylon de porosité nominale 20 μm sont nécessaires aux analyses des formes inorganiques des nutriments (NID) et effectuées sur place. • La conservation et le pré-traitement des échantillons s' effectuent à basse température et à l'abri de la lumière.

EN LABORATOIRE

• Les échantillons destinés aux analyses des formes totales de l'azote et du phosphore sont filtrés en laboratoire. • Pour chaque variable, la valeur la plus élevée des trois mesures effectuées au cours de l'été est utilisée pour la notation. • Ensuite, les échantillons sont congelés dans l'attente des analyses chimiques, permettant de ralentir au maximum les cinétiques de réactions jusqu'à analyse. Les contaminants chimiques impactent l' état de conservation de la lagune en altérant potentiellement le développement des organismes. En milieu aquatique, la plupart des contaminants chimiques (métalliques, organiques hydrophiles et hydrophobes) sont présents à l' état de traces, il y a ceux recherchés dans la matrice "eau" (forme dissoute et/ou fraction particulaire) et ceux recherchés dans le biote (via les suivis sur les moules et concernant uniquement les substances hydrophobes de la liste DCE). Les contaminants présents dans les sédiments ne sont pas évalués dans l'indicateur. Ici, pour l'indicateur "Contaminants chimiques", les mesures seront réalisées via l'utilisation des techniques d'échantillonnage intégratives (SBSE 2 ) et intégratives et passives (DGT 3 , POCIS 4 ). La partie "biote" n'est pas traitée ici. [START_REF] Gonzales | Contribution à l'étude de la dynamique des contaminants chimiques et à la surveillance du milieu marin: apports de la modélisation et des techniques d'échantillonnage passif[END_REF]. • La pose des échantillonneurs dans le milieu nécessite un temps de formation par un expert. L'analyse et interprétation des résultats nécessitent également l'appui d'un expert (l'Ifremer est la structure expérimentée sur les lagunes pour l'interprétation des données de suivi).

INDICATIONS PRATIQUES

PROTOCOLE

Les relevés dans le cadre du suivi DCE se font tous les 3 ans, soit 2 fois par plan de gestion (6 ans). S'agissant d'un protocole complexe et coûteux, cette fréquence d' échantillonnage peut être appliquée pour un suivi hors-cadre DCE. Un suivi plus fréquent peut éventuellement être mis en place afin de révéler des variations plus fines de la qualité de l' eau, notamment dans le cas des contaminants dissous et hydrophiles.

Nombre de stations :

Le protocole d' échantillonnage est différent selon la matrice de prélèvement (eau ou biote) et compte globalement une station par lagune étudiée, voire deux dans le cas des lagunes les plus vastes ou morphologiquement contrastées. La pose des échantillonneurs implique qu'ils ne soient jamais en contact avec le sédiment, ni exondés. Pour les lagunes d'au moins 80 cm, ils sont mis en place dans la colonne d' eau en utilisant des structures fixes s'il en existe, sinon avec une bouée munie d'un lest. Pour les lagunes moins profondes (< 80 cm), il est possible de prévoir une petite structure en forme de table pour positionner à plat les échantillonneurs.

1 À noter que dans les travaux de Munaron et al. (2017) 90 pesticides d'intérêt (dont certains prioritaires DCE) ont été choisis pour les lagunes grâce à la synthèse des données les plus récentes en matière de contamination (soit directement dans la lagune, soit sur les cours d'eau tributaires de lagunes), et au croisement de ces dernières avec les listes d'intérêt régional sur les bassins versants.

2 Utilisées pour mesurer les polluants organiques hydrophobes (HAP, PCB et OCP). 3 Diffusive Gradient in Thin films, utilisé pour les micropolluants métalliques. 4 Polar Organic Chemical Integrative Sampler, utilisé pour les micropolluants organiques hydrophiles (herbicides, fongicides, AKP). Ils permettent, pour certains composés, de les extraire et de les concentrer in situ réduisant ainsi une partie des difficultés, et du coût lié à l'analyse des contaminants à l' état de traces et facilitant ensuite leur détection analytique en laboratoire. Ces techniques permettent de perturber au minimum la spéciation des contaminants échantillonnés et présentent l'avantage de pouvoir être mises en oeuvre rapidement.

De plus, l'utilisation d' échantillonneurs passifs permet de mesurer les concentrations de certains contaminants hydrophiles, peu ou pas bioaccumulables, présents dans la colonne d' eau.

NOTE DE L'INDICATEUR

L'intégration de cet indicateur, utilisé dans le cadre de la DCE 5 , dans la méthode calibrée pour répondre aux objectifs Natura 2000 se fait directement en reliant la classe de l'indicateur à la note (ci-dessous).

Modalité

Note Bon état [respect des NQE : zéro NQE dépassée] 0 Mauvais état [non-respect des NQE : une NQE dépassée ou plus] -30 5 Les données les plus récentes sont dans Munaron et al., 2019. OBSLAG -Volet Pesticides : Suivi 2017-2019

Références du tableau en annexe (page suivante)

Arrêté du 27 juillet 2018 modifiant l'arrêté du 25 janvier 2010 relatif aux méthodes et critères d'évaluation de l'état écologique, de l'état chimique et du potentiel écologique des eaux de surface pris en application des articles R. 212-10, R. 212-11 et R. 212-18 Pour les lagunes temporaires, sur lesquelles les relevés de la DCE ne sont pas appliqués mais où l'applicabilité de l'indicateur serait possible avec une pression d' échantillonnage adaptée, il serait préférable de prendre en compte l'unité hydrologique principale plutôt que la pièce d' eau.

Ce protocole a été développé dans cadre de la DCE [START_REF] Souchu | Mise à jour d'indicateurs du niveau d' eutrophisation des milieux lagunaires méditerranéens[END_REF] et est utilisé par l'Ifremer (Andral, 2000).

Pour chaque station, on prélève (par plongée ou à pied selon la profondeur) 8 carottes de 8 cm de diamètre et de 20 centimètres de long. Les 5 premiers centimètres sont alors extraits à l'aide d'un piston, tamisés sur 2 mm, puis homogénéisés avant leur répartition dans des sacs prévus pour leur congélation (-20°C).

Des méthodes simplifiées pour prélever la couche superficielle de sédiment peuvent alternativement être utilisées : dans le cas d'une station à sec ou avec peu d' eau une truelle pourra être utilisée, tandis qu'un tube en PVC pourra servir au carottage dans les zones en eaux plus profondes.

Les échantillons devront ensuite être confiés à un laboratoire pour analyses.

Pour chaque échantillon sont relevés : • le taux de matière organique (en %),

• la concentration d'azote (en g/Kg de poids sec de sédiments),

• la concentration en phosphore (en mg/Kg de poids sec de sédiments).

NOTE DE L'INDICATEUR

Une grille d'évaluation de l'état des sédiments lagunaires est proposée dans le cadre de la DCE à partir des concentrations précisées ci-dessous. Le paramètre déclassant donne son état au compartiment sédimentaire vis-à-vis de l'eutrophisation. Cet indicateur étant relevé pour les masses d' eau suivies en routine dans le cadre de la DCE, la classe qui lui est attribuée donne une idée de la qualité des sédiments sur une partie du site évalué. Biote : espace caractérisé par des facteurs climatiques, géographiques, physiques, morphologiques et géologiques, etc. en équilibre constant ou cyclique et occupé par des organismes qui vivent en association spécifique (biocénose). C'est la composante non vivante (abiotique) de l'écosystème. Biogéographique : qui désigne en biogéographie une zone géographique climatiquement et écologiquement relativement homogène du point de vue des formations végétales et des températures.

Contaminant : élément ou substance contenu dans l'environnement (e.g. air, eau, sédiments) en quantité anormale (= non naturelle). Ils proviennent soit de la pollution industrielle, soit de pratiques mal maîtrisées de l'agriculture, de la transformation des aliments et des substances naturelles. Les éléments-traces métalliques (e.g. Cadmium, chrome, cuivre, plomb, zinc, nickel, étain, mercure) sont présents naturellement, à l' état de traces, dans la croûte terrestre et les milieux naturels, mais sous certaines formes, ils peuvent être assimilés par les êtres vivants et avoir sur ceux-ci un impact toxique.

DGT (Diffusive Gradient in Thin films) : échantillonneur passif utilisé pour les micropolluants métalliques.

Écotone : Zone de transition écologique entre différentes communautés, entre deux écosystèmes. La variation progressive ou irrégulière des paramètres hydrologiques, pédologiques, ou encore thermiques à la frontière des écosystèmes concernés engendre une mosaïque d'habitats avec une interpénétration des faunes et des flores de ces écosystèmes.

Eutrophisation : enrichissement des cours d'eau et des plans d'eau en éléments nutritifs, essentiellement le phosphore et l'azote qui constituent un véritable engrais pour les plantes aquatiques. L'eutrophisation se manifeste par la prolifération excessive des végétaux dont la décomposition provoque une diminution notable de la teneur en oxygène. Il s'en suit, entre autres, une diversité animale et végétale amoindrie et des usages perturbés (e.g. Alimentation en Eau Potable -AEP, loisirs).